Согласно «Учреждениям», число губерний возрастало, они становились более однородными по размеру и отныне располагали одинаковыми институтами. Провинции упразднялись, оставались губернии (с населением в 300–400 тысяч душ мужского пола) и уезды (с населением в 20–30 тысяч душ мужского пола). Границы проводились с таким расчетом, чтобы создать устойчивые в географическом и экономическом отношении территориальные единицы, усилить связь между центром и периферией, с одной стороны, и центрами торговли и производства – с другой. Города, откуда управлялись губернии и уезды, должны были располагаться в их центре (управление при этом часто перемещалось в другие города или в новые, преобразованные из деревень). Упразднялась веками существовавшая должность всемогущего воеводы; губернатор отныне не располагал такой же непосредственной властью, как раньше. Возрождалось разделение властей – политическая, судебная и фискальная, – недолго имевшее место при Петре и затем упраздненное. Губернатор надзирал за судебными и политическими учреждениями, но обладал меньшими полномочиями в отношении учреждений фискальных, подчинявшихся губернскому прокурору и генерал-прокурору в Петербурге. Кроме того, прокуроры прикомандировывались ко всем органам власти, что неизбежно приводило к трениям между губернатором и генерал-прокурором. (С 1785 года трения существовали также между губернаторами и губернскими предводителями дворянства – их потенциальными соперниками, которые обладали, однако, меньшими полномочиями.)

На высшем уровне предусматривалось создание особых единиц – наместничеств, которые уже существовали в приграничных районах; правители наместничеств обладали большим могуществом, их власть распространялась на две губернии. В ходе реформы наместничества были сохранены на Левобережной Украине, в Новороссии и Оренбуржье – тех местах, где требовалась сильная власть для демонтажа локальных властных структур и/или для реорганизации новоприсоединенных земель и контроля над ними. В центральной России также стали назначаться генерал-губернаторы, присматривавшие за двумя губерниями, но эта должность являлась скорее политической, чем административной; те, кто назначался на нее, становились «глазами и ушами» Екатерины, представителями центра, тогда как за губернаторами оставалась текущая работа.

Назначение на новые должности отражало просвещенческие установки Екатерины: в региональном и местном управлении заметно усилилось участие всех социальных групп, что напоминало старомосковскую систему выборных представителей и привлечение Петром I местных дворян к делам управления. Новые должности нашли отражение в Табели о рангах – это касалось и чинов, и жалованья, – что сделало реформу крайне обременительной для государства и очень выгодной для дворян, которым отошла бо́льшая часть мест.