Если ученых епископов волновали вопросы, связанные с пастырским попечением, то для государства церковь была по преимуществу орудием. После смерти патриарха Адриана (1700) Петр не стал назначать нового. Некоторые реформы этого периода были нацелены только на увеличение государственных доходов: в 1701 году воссоздается Монастырский приказ; вводятся подати для ранее свободного от них духовенства (до 1722 года); со значительной части монастырского и епархиального имущества решено взимать особые налоги (хотя формально церковные земли пока что не подвергаются конфискации). Самое же главное – в 1722 году церковь получила новую организационную структуру, что, по мнению Петра и некоторых его сподвижников из числа духовных лиц, должно было позволить ей лучше справляться с окормлением паствы. Эту реформу провели в соответствии с воззрениями Феофана Прокоповича.

Прокопович в своих трудах опирался на теорию общественного договора, идущую от Гуго Гроция, чтобы оправдать передачу престола по назначению монарха («Правда воли монаршей», 1722), а в «Духовном регламенте» (1721), как утверждают некоторые, отдал дань протестантской коллегиальности. Документ отмечен влиянием консисторского принципа церковной организации в его прусском и шведском вариантах, но соблюдает православную традицию церковной автономии. Первоначально Петр I намеревался сделать церковь одним из институтов внутри светского государства, на правах коллегии, но Прокопович убедил его, что ей необходимы более высокий статус и автономия. По его предложению, высший орган управления церковью – 12 епископов и стоящий над ними обер-прокурор, светское лицо – был поставлен над коллегиями и получил название Святейшего правительствующего синода. Реформа 1722 года официально закрепила фактическое упразднение патриаршества, но Прокопович настаивал на том, чтобы Синод по своему статусу стоял наравне с Сенатом. В «Духовном регламенте» упор делается на пасторскую роль церкви и перечисляются цели реформы, которые обсуждались с XVI века: регулирование жизни монахов, осуждение народных верований, отклоняющихся от официального православия, а также сложившегося обращения с мощами и иконами. Прокопович ввел новые практики, выработанные европейскими церквями в процессе конфессионализации: создание семинарий и школ для мирян, ведение священниками записей и отправка ими отчетов о присутствии прихожан на основных церковных праздниках и приобщении их к таинствам. Широко известен тот факт, что, согласно «Регламенту», священники обязаны были докладывать обо всех противоправительственных признаниях, услышанных на исповеди, но к концу столетия эта обязанность фактически отпала: приходские священники оказались в этом смысле ненадежными, и данную функцию мог выполнять усовершенствованный к тому времени государственный аппарат. Несмотря на внедрение Прокоповичем практик, кажущихся протестантскими, его представления о церкви соответствовали православной традиции – достаточно сказать об энергичной защите им почитания икон, святых и мощей. «Духовный регламент» определял внутреннюю организацию и деятельность церкви вплоть до 1917 года.