В течение двух следующих поколений большинство епископов Русской православной церкви были украинского или белорусского происхождения (свыше 67 % в 1700–1762 годах); они вносили в православие живую струю, что видно по составленным ими семинарским учебным программам, их трудам и проповедям. Как указывает Андрей Иванов, русское духовенство очевидным образом уклонялось от того, что считало крайностями европейской религиозной мысли эпохи Просвещения – деизма, антиклерикализма, чрезмерного рационализма. Но многие тенденции казались ему привлекательными. В пиетизме и англиканстве оно находило просвещенную духовность, попытку объединить науку и рациональное мышление с верой, не отрицая откровения. Нравственная философия православия требовала уделять особое внимание личной нравственности и личному благочестию; епископы переводили труды, посвященные созерцательной молитве – авторами их были католики (Игнатий Лойола), протестанты (Иоганн Арндт, Якоб Бёме, Джозеф Холл, Джеймс Херви) и православные, – и включали фрагменты этих работ в свои проповеди.

К моменту воцарения Екатерины русские православные епископы создали развитую теологию и нравственную философию, адаптировав просвещенческий гуманизм к принципам православия и реалиям русской жизни. Основной упор делался на проповеди и наставления, где говорилось не только о благочестии, но и о социальной ответственности. Элис Виртшафтер и Гэри Маркер проследили за тем, как один из виднейших религиозных деятелей эпохи Просвещения Платон Левшин, придворный проповедник при Екатерине, а впоследствии – московский митрополит, привносил в православие характерные для Просвещения понятия. Маркер подробно рассказывает о катехизисе Платона, вытеснившем к концу столетия предыдущие (Прокоповича и Димитрия Ростовского): заимствуя много из светской мысли, его автор неизменно держится главных ориентиров – Бог, спасение, искупление. Виртшафтер показывает, что в своих проповедях, обращенных к придворной знати, Платон использовал просвещенческую концепцию рационального человека для защиты социальных ценностей, свойственных православию. Для знатнейших дворян такие проповеди в устах людей, равных им по интеллектуальным качествам, укрепляли их собственные убеждения: основой последних служили немецкий пиетизм и философия Просвещения, встроенные в православие, которое мало кто решался отвергать.

Эти интеллектуальные тенденции все больше проявляли себя в Русской православной церкви благодаря институциональным реформам XVIII века. Начиная с 1740-х годов и до конца столетия Синод осуществлял то, что Грегори Фриз назвал второй петровской революцией в управлении церковью, предпочитая говорить не о секуляризации, а о «спиритуализации». Преследуя уже знакомые нам цели, которые издавна ставились церковными реформаторами, иерархи занялись наведением порядка в религиозном быте мирян. Количество епархий в 1780-е годы достигло 26, в 1790-е прибавилось еще десять (в основном за счет черноземных областей с их бурно растущим населением и причерноморских степей). Надзор за епархиями был усилен путем создания духовных консисторий (совещательных учреждений при правящем архиерее, в составе трех-пяти членов) и различных надзорных органов и должностей на уездном уровне. Их главы наблюдали за порядком в приходах. Благодаря использованию петровского Генерального регламента совершенствовались административная организация и ведение отчетности. Наконец, велась работа по улучшению нравственного облика и повышению образовательного уровня приходских священников.