Проблемой, однако, оставалась бедность приходского духовенства (исключая тех, кто служил в богатых городских приходах). Сельские священники оказывались во власти крестьянских общин, которые выбирали их, наделяли землей, давали содержание, платили за требы. Их возможности для искоренения народных обычаев, катехизации, борьбы с местными порядками были весьма скромны. В течение столетия бедность фактически сделала из приходского священства наследственное сословие – свободных приходов было немного, и они все чаще передавались от отца к сыну. Синод, неспособный предоставить жалованье и пенсии для священников, а также содержание для членов их семей, молчаливо соглашался с этим. Между тем, наилучшим выходом с его стороны было бы назначение на должности самых подготовленных выпускников семинарий, что улучшило бы ситуацию в приходах. К концу столетия с практикой выбора священников общинами было покончено, но они все еще во многом зависели от своих прихожан.

На рубеже XVIII и XIX веков православная церковь вновь стала предпринимать усилия по подготовке приходского духовенства к пастырской деятельности. Семинарскую программу переориентировали на православие и российские реалии, стали уделять больше внимания взаимодействию с верующими, чтению проповедей, катехизации и светскому образованию на приходском уровне. Опасаясь соперничества со стороны старообрядцев и различных сект, стремясь воспитывать крестьянство так, чтобы оно служило оплотом политической стабильности, церковные иерархи ослабили борьбу с народными верованиями, поощряя прихожан участвовать в обрядах и празднествах с учетом сложной по своему характеру религиозности мирян.

Социальные последствия институциональных реформ XVIII века можно разделить на две основные группы. Во-первых, прекратилось типичное для московского периода пополнение духовенства за счет выходцев из различных социальных групп: это касалось и высшего, и приходского духовенства. Законодательство 1760–1770-х годов закрыло эту возможность для податного населения, покончив тем самым с вертикальной общественной мобильностью, тогда как дворяне пренебрежительно относились к церковному служению. Епископы по большей части вели образ жизни, характерный для просвещенных дворян того времени, но в следующем веке, с углублением разрыва между двумя сословиями, это прекратилось. Духовенство, в силу образовательной и культурной слабости, оказалось отделено от остальных групп образованного населения, потенциально способных захватить лидерство. Во-вторых, бурные экономические перемены создавали новые перспективы для образованных, но лишенных места выпускников семинарий: они становились университетскими преподавателями, торговцами, чиновниками в качестве разночинцев.