Православная церковь постепенно возвратила себе право владеть имуществом и сохранять независимость от униатской церкви в украинских землях (1607, 1609, 1632). В 1620 году иерусалимский патриарх тайно посетил Киев для рукоположения нового митрополита, архиепископа и нескольких епископов. Вторая половина XVII века в Гетманщине ознаменовалась расцветом православия. Украинские и белорусские священники, представлявшие модернизированное православие, с 1630-х годов руководили церковными реформами и изданием необходимой для этого религиозной литературы в Московском государстве.

Тем не менее, в течение большей части XVII века униатство выдерживало натиск. В белорусских и западноукраинских землях большинство приходов и епископов приняли унию, но на востоке Украины картина была иной. Унию официально поддержали власти Речи Посполитой и Святой Престол, возникли униатские приходы, но ее сторонники на Украине не достигли своих политических целей. Униатские епископы не были допущены в Сенат Речи Посполитой, униатское духовенство не получило освобождения от налогов и судебных привилегий, которыми пользовались польские католические священники. Иосиф Рутский, второй униатский митрополит (1613–1637), предпринял, как и Петр Могила, шаги в сторону конфессионализации, рассчитывая, что униатская церковь будет отличаться и от католической, и от православной. Рутский реорганизовал основанный в 1615 году Василианский монашеский орден по иезуитскому образцу и предпринимал усилия по выработке особого униатского обряда. К концу XVII века в украинских и белорусских землях насчитывалось около 30 василианских монастырей, из которых выходили хорошо образованные униатские епископы. В 1623 году появились новый катехизис и «Правила для униатских пресвитеров», но в целом для унификации вероучения до конца XVII – начала XVIII века делалось немного. В 1670 году униаты обзавелись типографией в Вильне; львовский епископ Иосиф Шумлянский издал там наставления для священников (1687).

На протяжении XVIII столетия конфессионализация заметно продвинулась. В 1720 году собрался униатский Замойский собор. Собравшиеся на него епископы и священники, как и участники Тридентского собора (а также московские «ревнители благочестия» и Никон, чьи усилия, однако, не увенчались таким же успехом) решили унифицировать богослужение. Новые литургические книги вскоре были изданы и посланы в приходы. Собор принял также меры для улучшения образования священников и их попечения о прихожанах, усилил надзор за епархиями и приходами, постановил, что епископ обязан посещать каждый свой приход не реже одного раза в два года. В каждой епархии отныне должна была иметься семинария, в приходах – школы. Не все из намеченного удалось выполнить сразу, но прогресс был налицо.