Вплоть до 1905 г. в стране в целом сохранялась политическая система прежнего царствования — неограниченность самодержавного произвола и отсутствие единства в системе управления. В полной мере продолжали существовать автономность главных министерств (наибольшим весом обладали Минфин и МВД), ведущая роль министерских докладов, игнорирование Госсовета и т. д.: «…фактически имелись кучка сменявшихся в пределах управления отдельными отраслями народной жизни олигархов и отсутствие единой, направляющей к заранее намеченной и ясно сознанной цели государственной власти» (Гурко). По словам крупного чиновника МВД С. Е. Крыжановского, «[отсутствие единства в действиях и взглядах правительства вытекало из самой организации высшего управления, которое формально возглавлялось государем. В действительности же, за невозможностью для него вникать во все дела управления, оно выливалось в „борьбу ведомств“, наполнявшую собою целые периоды. Министры подкапывали друг у друга у престола, поносили в обществе, обменивались политическими трактатами и даже переносили свои споры на страницы периодической печати. В министерствах особо ценились чиновники, искусившиеся в междуведомственных препирательствах, мастера изготовлять в любезной форме уничижительные послания от одного министра к другому. Многие на этом делали карьеру (не скрою, что я принадлежал к их числу): случалось, что допекаемый министр стремился обезвредить противника, переманив к себе на службу с повышением его искусных сотрудников». Витте в 1904 г. называл высшие учреждения империи «заглохшими». «Государственный аппарат в России рубежа столетий представлял собой не цельный механизм, а совокупность не во всём согласованных деталей», — констатирует современный исследователь[638].

Разбалансировка государственной машины значительно усиливалась из-за указанных выше личных свойств императора. При нём добавились новые влияния, опираясь на которые, он пытался освободиться от опеки министров — великих князей (прежде всего Сергея Александровича и Александра Михайловича), молодой императрицы с её «мистическими советниками», инициатора продвижения России в Корею А. М. Безобразова. Опять важную роль начал играть В. П. Мещерский. Наконец, возникла совсем неожиданная фигура — чиновник Министерства путей сообщения А. А. Клопов, по собственной инициативе писавший государю записки о положении в стране; последний так ими увлёкся, что поверх всякой административной субординации стал использовать автора для исполнения своих чрезвычайных поручений. Это была какая-то многообразная и хаотическая олигархия, при том, что действовала она под лозунгом укрепления самодержавия, что в особенности пропагандировал министр внутренних дел Д. С. Сипягин, как и венценосец, искренний поклонник Московской Руси: «Идеалом его был век царя Алексея Михайловича, и главной мечтой — стать „ближним боярином“ при царе» (С. Крыжановский).