Сам Петр тоже прикладывал большие усилия для того, чтобы наладить работу бюрократического аппарата империи. Через учрежденный в 1704 году Кабинет Его Императорского Величества (по сути – канцелярию царя) он постоянно следил за действиями правительства и взаимодействием различных административных органов. Петр забрасывал Сенат своими письмами и указами. В 1717 году он приказал сенаторам не назначать на доходные посты родственников и друзей; царь сетовал на то, что его чиновники безынициативны и не выполняют его приказов, когда он указывает им на их просчеты и проступки. Петр неоднократно наказывал их за злоупотребления – жертвой гнева царя в 1715 году даже стал его давний фаворит А. Д. Меншиков, попавший на несколько лет в опалу, но позже вернувший монаршую милость благодаря своей преданности царю и выдающемуся административному таланту.

Петр I часто конфликтовал с Сенатом и губернскими властями из-за неэффективной работы бюрократического аппарата, и у этого противостояния была еще одна важная – внутриполитическая – сторона. Сын Петра от первого брака, царевич Алексей, никогда не состоял в близких или хотя бы нейтральных отношениях со своим отцом. Личные и политические разногласия между ними усугубились в 1715 году с рождением сыновей как у Петра – от его второй жены Екатерины, так и у Алексея от его супруги Шарлотты. В этой неясной ситуации с престолонаследием многие представители знатных русских родов, утративших часть своего влияния в царствование Петра, тайно или открыто поддержали Алексея и его сына (внука царя). Когда Алексей в 1716 году бежал в Вену, а затем вернулся в Россию, где был допрошен и вскоре умер в Петропавловской крепости, стало очевидным, что число сторонников Петра в высших слоях русского общества невелико. Хотя заговор в пользу царевича Алексея так и не был раскрыт, его приверженцами были не только многие аристократы и сенаторы, но и люди из ближнего круга самого Петра.

В результате всех этих событий были проведены масштабные административные преобразования, и верхняя часть русской бюрократической пирамиды приобрела иной вид. Новые правительственные органы оказались более стабильными и долговечными. Петр впервые заговорил о внедрении в России административных институтов по шведскому образцу еще в 1712 году, однако в итоге эти созданные по европейской модели «коллегии» появились только в 1717–1720 годах. Поначалу коллегий было девять – они либо заменили старые приказы, либо поглотили их. В состав каждой коллегии входили десять человек, имеющих право голоса в принятии решений, один из которых (вице-президент) мог быть иностранцем. Сделано это было, очевидно, для того, чтобы новое ведомство не находилось во власти одного человека или рода; разумеется, в реальности дела нередко обстояли иначе. Поначалу президент каждой из коллегий (русский) был членом Сената; впоследствии это правило было отменено. Таким образом, эти новые коллегии были формально подчинены Сенату – высшему органу государственной власти и законодательства в России, который к тому моменту существовал уже почти десять лет. После коллежской реформы Петр провел переустройство местного управления – губернии были разделены на новые административно-территориальные единицы (провинции), при этом большинство полномочий вновь были переданы столичным ведомствам. Деятельность коллегий определял утвержденный Петром I в 1720 году Генеральный регламент, а контроль за Сенатом осуществлял генерал-прокурор [Анисимов 1997: 108, 260–261].