Как известно, вопреки партийному уставу традиционных выборов в состав нового ЦК по итогам этого съезда не проводилось, а посему не проводился и организационный Пленум ЦК. Однако это вовсе не означало, что в скором времени внутри высшего руководства не последуют новые перестановки. И действительно, уже в марте 1959 года А. Н. Косыгин сменил обанкротившегося И. И. Кузьмина на посту председателя Госплана СССР, а в ноябре H. С. Хрущев инициировал пересмотр функций и полномочий двух членов самого ближнего круга и очень влиятельных членов Президиума ЦК — А. И. Кириченко и А. И. Микояна. Как уверяет А. В. Сушков[636], за время пребывания на посту второго секретаря ЦК Алексей Илларионович Кириченко приобрел гораздо больше врагов, нежели сторонников, среди членов высшего руководства, в основном из-за грубого и высокомерного отношения к ним. Об этом писали и ряд его коллег, в том числе А. И. Микоян, П. Е. Шелест и В. Е. Семичастный[637], которые считали его ветреным, вспыльчивым и грубоватым, но в целом все же «добрым и неподлым человеком». Аналогичным образом оценивал характер А. И. Кириченко и его будущий сосед по даче Ф. М. Бурлацкий, а вот маршал Г. К. Жуков, напротив, крайне негативно отзывался о нем, недоумевая, как этот «примитивный» человек, «одессит в худшем смысле этого слова» сумел «заслужить у Хрущева столь дружеское к себе отношение»[638]. Между тем профессор Г. И. Ханин, вероятно, был абсолютно прав, когда писал о том, что одни мемуаристы делают акцент на грубости А. И. Кириченко, а другие — на его требовательности, и, скорее всего, было и то, и другое, «вполне органически сосуществуя в одной личности». Однако именно «второе качество, все более выходившее из моды, и привело к его падению»[639].

Конечно, позиция многих влиятельных членов Президиума ЦК, в том числе Ф. Р. Козлова, А. Б. Аристова и Е. А. Фурцевой, в лишении А. И. Кириченко его прежних властных полномочий сыграла немалую роль, но решающее слово все же было за самим H. С. Хрущевым, который стал все больше и публично проявлять недовольство деловыми и личными качествами своего протеже и его претензиями на гораздо большую самостоятельность в решении ключевых вопросов. Все эти факторы, как считают целый ряд историков (Р. А. Медведев, А. В. Трофимов, А. В. Сушков[640]), и привели к тому, что уже 12 ноября 1959 года на заседании Президиума ЦК работа Секретариата, которую и возглавлял А. И. Кириченко, была подвергнута резкой критике, а сам он при сохранении должности секретаря ЦК был лишен положения второго человека в партии. Затем через пару недель, 26 ноября, на очередном заседании Президиума ЦК под председательством М. А. Суслова, заменявшего H. С. Хрущева на время его отпуска, была рассмотрена и принята записка Н. Г. Игнатова «Об организации работы Секретариата ЦК КПСС», в которой было признано целесообразным установить поочередное, помесячное председательствование всех секретарей ЦК на его заседаниях. А посему отныне все члены Секретариата должны были принимать активное участие в формировании повестки дня его заседаний, в результате чего пост второго секретаря ЦК был вновь де-факто ликвидирован. Все кадровые вопросы, входившие в номенклатуру Секретариата ЦК, в том числе все кандидатуры первых и вторых секретарей рескомов, крайкомов, обкомов, союзных министров, председателей совнархозов, командующих военными округами, армиями и флотами, региональных руководителей КГБ и т. д., должны были теперь утверждаться всем составом Секретариата ЦК с их вызовом на его заседания. Более того, Первый секретарь ЦК распорядился не закреплять за кем-либо из членов Секретариата две важнейших структуры аппарата ЦК — Отдел партийных органов и Отдел административных органов[641].