В-третьих, к удивлению многих, на место пяти отставников в Секретариат ЦК пришел единственный секретарь ЦК Фрол Романович Козлов, занимавший пост первого заместителя председателя Совета Министров СССР. Его перевод в аппарат ЦК многие историки (А. В. Пыжиков, Р. Г. Пихоя, А. В. Сушков[650]) связывают с тем, что скороспелая ликвидация должности второго секретаря ЦК крайне негативно сказалась на работе всего аппарата ЦК, поскольку далеко не все секретари ЦК были способны в полной мере справиться с этой важной ролью, а коллективное курирование важнейших отделов ЦК, что ранее было исключительной прерогативой второго секретаря ЦК, грозило выходом этих отделов из-под их повседневного контроля. Поэтому Н. С. Хрущев, идя вразрез с принятым всего полгода назад Постановлением Президиума ЦК, в июне 1960 года решил вновь официально утвердить пост второго секретаря ЦК, возложив эту роль именно на Ф. Р. Козлова. При этом его обязанности по правительству H. С. Хрущев передал А. Н. Косыгину, позиции которого в высшем руководстве страны тоже резко усилились. Одновременно новым председателем Госплана СССР и зампредседателя Совета Министров СССР был назначен Владимир Николаевич Новиков, а И. И. Кузьмин снят с поста главы Госнаучэкономсовета Совмина СССР и отправлен послом в Берн.

Судя по воспоминаниям ряда очевидцев, в частности того же В. Н. Новикова[651], после смещения А. И. Кириченко именно Ф. Р. Козлов сразу сосредоточил «практически всю власть в своих руках». Правда, теперь он уже значительно меньше влезал в повседневную хозяйственную работу и брал на себя только крупные вопросы и жесткий контроль за исполнением решений Президиума и Секретариата ЦК. Надо сказать, что фигура Ф. Р. Козлова до сих пор вызывает самые горячие споры. Сам В. Н. Новиков, больше двадцати лет проработавший заместителем председателя Совета Министров СССР, с глубоким уважением отзывался о его деловых качествах и решительности, умении найти подход к людям, но при этом отмечал его грубость и то, что «ради карьеры он мог пойти на многое». Аналогичную оценку Ф. Р. Козлову давал и сын лидера страны С. Н. Хрущев, который, отмечая его немалый управленческий опыт и умение быстро «ухватить суть дела», писал, что «в тот момент он полностью, даже в мелочах, шаг за шагом, следовал линии отца»[652]. Однако очень многие его «соратники», в том числе А. Н. Шелепин, В. Е. Семичастный и А. И. Микоян[653], напротив, очень негативно оценивали интеллектуальные, деловые, личные и моральные качества Ф. Р. Козлова. И именно эта негативная оценка затем стала превалировать буквально во всей исторической литературе[654], хотя изредка высказывались и иные, положительные, оценки его личности и деятельности, например в работах А. В. Сушкова и Г. И. Ханина, которые считали его крупным государственным деятелем и действительно способным управленцем[655].