Тем не менее в октябре 1919 г. занятия возобновились. Еще летом был разработан новый трехгодичный план преподавания. Первый курс решили сделать подготовительным, обязательным для всех студентов. Затем предполагалось разделение на пять отделений: историко-социальное, философское, правовых предметов, филологическое и художественное. На этот раз в университет записалось 256 слушателей, но только 50-60 человек действительно посещали занятия. Надо сказать, что большинство петроградских вузов в тот период испытывали аналогичные трудности. Так, например, только 28 студентов закончило в 1919 г. крупнейший Технологический институт, а в Горном институте в 1919 —1920 учебном году занималось всего 75 человек.

Так как одного года первоначальной подготовки оказалось мало, обязательную программу ПЕНУ удлинили до двух лет. Таким образом, только на третий год своего существования университету удалось открыть, вместо предполагавшихся пяти отделений, два факультета — литературно-филологический и историко-социальный. Высшим управляющим органом ПЕНУ являлась Профессорская коллегия, куда входили все преподаватели и представители студентов. Исполнительным органом служило Правление, занимавшееся вопросами материального обеспечения. При университете имелась библиотека в 5000 томов. Так как по многим курсам учебники отсутствовали, планировалось издание трудов профессуры: Евреи во время Великой Французской революции С.Лозинского, Промыслы евреев в средние века И.Кулишера, О кодексе Хаммураби Г.Красного-Адмони и др. Однако нехватка средств помешала осуществить эти планы.

Наравне со студентами других вузов, в 1919 г. слушателям университета регулярно выдавались пайки Наркомпроса. Учрежденная в начале 1920 г. по ходатайству Горького Комиссия для улучшения быта ученых (КУБУ) стала систематически обеспечивать основными продуктами преподавателей вузов, в том числе ПЕНУ, что спасло оставшихся в Петрограде ученых от голодной смерти. В 1919 г. покровитель университета З.Гринберг переехал в Москву, что привело к усилению нападок на ПЕНУ со стороны еврейских коммунистов. В марте 1920 г. Петроградский отдел просвещения отказал университету в признании и в финансовой поддержке, сославшись на «крайний недостаток в учебных силах и учебных пособиях» в городе, а также недостаточный диапазон преподаваемых в ПЕНУ дисциплин. Однако настоящей причиной было то, что в глазах властей учебная программа не соответствовала духу времени, а состав преподавателей был далеко не советским. Чтобы все-таки пройти регистрацию, администрация университета совместно с преподавателями и слушателями разработала новое «Положение о Петроградском еврейском университете», не содержавшее, впрочем, больших уступок советской власти. В нем подчеркивалось, что студенты должны знать иврит и идиш и что учащихся готовят «к строго научному анализу всех теоретических и практических вопросов современной еврейской действительности». Руководство университета предлагало Наркомпросу объединить его с существовавшими архивными комиссиями (по изучению истории погромов, ритуальных наветов и библиографической), а также с возрождавшимся Историко-этнографическим обществом и образовать Институт истории и культуры еврейства. Хотя названный проект и не был принят, он, возможно, повлиял на переименование ПЕНУ осенью 1920 г. в Институт высших еврейских знаний (ИВЕЗ).