В конце 1920 г. в город приезжал представитель Евотдела Наркомпроса Моше Литваков, которого местные коммунисты склонили к мысли о реорганизации программы ИВЕЗа, обновлении состава его слушателей, а затем передаче его в ведение Евподотдела Петроградского ОНО. Литваков исключил Айзенштадта, как раввина, и Ю.Бруцкуса, как сиониста, из числа профессоров. Совет ИВЕЗа вынужден был согласиться на навязанные реформы. Ввиду перспективы возобновления пособий студентам приехавший с Литваковым представитель Евсекции настоял на их сортировке на «активных» и «пассивных» (вольнослушателей). В Правление ИВЕЗа был введен студент и, одновременно, заведующий ЕП ОНМ Петроградского НКП П.Лейтман.

Решение вопроса об ИВЕЗе и его бюджете затянулось в связи с одновременным утверждением сметы на учреждение конкурента — Института еврейской филологии, истории и литературы в Москве. Между тем положение стало критическим, так как с мая 1920 г. государственные средства в ИВЕЗ не поступали, а частные пожертвования резко сократились с того момента, как стало известно, что институт переходит к государству. Комиссар П.Лейтман три раза ездил в Москву, пытаясь сдвинуть дело с мертвой точки и доказать, что в новой столице из-за нехватки ученых и библиотек труднее организовать еврейский вуз, чем в Петрограде. Однако Евсекция переключилась на поддержку нарождавшихся учреждений «пролетарской культуры», таких, как филологическая комиссия Исаака Зарецкого, еврейская кафедра при педагогическом факультете Второго Московского университета и еврейская кафедра Коммунистического университета национальных меньшинств Запада. Таким образом ИВЕЗ на какой-то период de facto снова превратился в общественное учреждение, что обеспечило ему определенную свободу. В частности, в штат лекторов был возвращен Айзенштадт. Однако финансовая база ИВЕЗа оставалась шаткой. Профессора не получали жалования. Студенты были вынуждены и работать, и учиться, что вредило их академическим успехам и заставило ректорат обратиться за помощью к еврейской общественности России и заграницы. Хлопоты привели к получению средств от Джойнта.

С американской помощью дела института пошли лучше, что позволило к 1922 г. повысить требования при приеме студентов. Теперь абитуриенты должны были иметь общее среднее образование и знать один из двух еврейских языков. Из 70 слушателей 35—40 постоянно присутствовали на занятиях, проходивших по вечерам. Основной контингент составляла учащаяся молодежь, сменившая разнородную публику первых лет. Среди студентов имелось несколько христиан. В рамках международной кампании помощи голодающей еврейской интеллигенции России студентам ИВЕЗа отправлялись продовольственные посылки. Кроме обычных занятий профессора университета регулярно устраивали публичные лекции.