Впрочем, 08.02.1687 Пенн направил своим уполномоченным распоряжение разрешить владельцам больших пещер сохранить их за собой, но только на условии ежегодной уплаты Пенну половины цены этих пещер и хранящейся в них собственности539.

Генри Фёрнис (квакер из Ирландии, ум. 1701) 03.05.1687 направил Пенну как «другу и губернатору» проникновенное письмо. Фёрнис рассказал о себе, что торговал мебелью, жил в пещере, которую купил у предыдущих обитателей, и заодно использовал ту пещеру как склад. И вот теперь вышло распоряжение об изгнании всех из пещер! «Моя торговля – исключительно по реке, это лесосплав, сухопутная торговля здесь очень мало может дать». Фёрнис отметил, что из Ирландии к нему переселилась жена и трое детей, и вот теперь из-за распоряжения Пенна все они остаются без крова. Фёрнис просил Пенна как следует обдумать своё распоряжение и не настаивать на нём. Фёрнис утверждал, что знаком с Пенном, но не был уверен, что Пенн его помнит: «Чтоб ты меня не забыл: вспомни, я навертел много маленьких кленовых чашечек для тебя, когда жил с Сэмюэлом Карпентером, незадолго до того, как ты уехал отсюда. Я думаю, ты их с собой взял». Фёрнису не позволили сохранить пещеру за собой, однако в 1691 г. он получил от Пенна небольшой участок земли на северной окраине Филадельфии, чтобы он мог держать лес там.

«Впоследствии стало в Пенсильвании модно иметь предка, который когда-то жил в пещере; но такое местожительство не казалась ни желательным, ни приятным в 1680-х гг.» – пишет современный исследователь540.

К январю 1687 г. Пенн, очевидно, понял необходимость усиления в квакерской колонии исполнительной власти. Эта политическая перемена должна была дать «священному эксперименту» ещё один шанс.

01.02.1687 Пенн назначил для управления Пенсильванией новую комиссию (Commissioners of State) из 5 чел., с тем чтобы три её члена составляли кворум. Томас Ллойд был включён в список этих пяти. Включён был и Клейпул, несмотря на критику, которую Пенн незадолго до того высказал в его адрес541. У трёх других членов комиссии была неважная репутация в колонии, так что их назначение в конечном итоге заметно повредило авторитету Пенна. Комиссии было поручено «действовать во исполнение законов так, как если бы я сам присутствовал среди них, оставив мне лишь утверждение того, что уже сделано, и мои особые права и преимущества». (Однако нет никаких свидетельств, что пенсильванцы хоть что-то делали во исполнение этого распоряжения.) К документу были приложены восемь инструкций. Речь в них шла о преодолении различных недостатков прежнего устройства. Предписывалось созывать заседания Совета чаще, улаживать конфликты между Советом и Ассамблеей, карать или предотвращать аморальные поступки власть имущих, выполнять принятые законы. Завершались инструкции пламенным призывом к уполномоченным, написанным в жанре проповеди: «Будьте предельно справедливы, как если бы в виду всевидящего и до всего дознающегося Бога. И прежде чем вы пуститесь в какое-либо дело, прибегите к Нему (Тому, Который не так и далёк от каждого из вас; силою Которого короли правят, а правители осуществляют правосудие) – для того, чтобы Он мог дать вам доброе взаимопонимание и вы смогли бы сами управлять собой; именно это является подлинным тем венцом общественных дел, которым удостаиваются те, кто их совершает… Любите друг друга, прощайте друг другу, помогайте и служите друг другу. Пусть народ учится на вашем примере, равно как и через осуществление вами власти, жизни счастливой благодаря согласию»542. Возможно, во всех документах Пенна это самое яркое исповедание его веры в квакерский эксперимент.