Арагонское руководство рыцарей Святого Иакова не было согласно с отделением португальского командорства и подало папе римскому жалобу на португальских «раскольников». В результате римский «апостольский престол» признал португальский Орден Сантьяго в качестве легитимного только 30 лет, в 1317 г.

К середине XIII в. Орден Святого Иакова и Меча снискал себе широкую известность и громкую славу во всем Средиземноморье, от Португалии до Анатолии (Малой Азии). Орден Сантьяго неоднократно посылал отряды своих «братьев-рыцарей» и «братьев-сервиентов» на помощь императору Латинской империи Бодуэну (Балдуину) I Константинопольскому, воевавшему с болгарами, половцами и византийскими греками. Однако следует заметить, что, поскольку Орден Святого Иакова и Меча в описываемое время не был особо многочисленным, эти вспомогательные контингенты не смогли оказать Балдуину действенной помощи, и в 1205 г. латинский император потерпел сокрушительное поражение от болгарского царя Калояна (Иоанницы, или Иоанна Влаха) в битве под Адрианополем, был взят в плен и умер в заключении при невыясненных обстоятельствах. По одной из версии, ему отсекли руки и ноги и бросили умирать в овраг, где он был съеден заживо дикими зверями. Но это так, к слову…

К описываемому времени к кандидатам на вступление в Орден Сантьяго в качестве братьев-рыцарей стало предъявляться обязательное требование предъявить доказательство благородного происхождения.

Одной из особенностей Устава Ордена Святого Иакова и Меча было требование прохождения кандидатом на вступление в Орден испытания в форме трехлетней морской службы на военных кораблях Ордена Сантьяго, отражавших (подобно иоаннитам-госпитальерам и рыцарям Ордена Святого Антония) набеги мусульманских (берберийских, то есть, по преимуществу, алжирских и тунисских) пиратов (корсаров) на побережье Испании и Португалии. Это требование непременной военно-морской службы роднило Устав Ордена Святого Иакова и Меча с уставом госпитальеров-иоаннитов (особенно в родосский и мальтийский периоды истории Ордена Святого Иоанна Иерусалимского). Следует вообще заметить, что рыцари Ордена Сантъяго испытывали большие симпатии к иоаннитам, что выразилось, в частности, в активной военной поддержке, оказанной рыцарями Святого Иакова и Меча иоаннитам при осаде резиденции последних на острове Мальта турками-османами.

В XIV в. Орден Сантьяго мог (без учета сил своих португальских командорств) вывести в поле около 230 «фрейлес» («орденских братьев»), а в XVI в. — 400 «фрейлес» и 1000 копий от всех своих 84 командорств.