На обратном пути в Россию отец Варсонофий несколько раз подвергался смертельной опасности, но Бог спас. В день памяти старца Амвросия (10 октября) он уже был в Саровской пустыни, которой не мог миновать. Потом через Арзамас и Нижний Новгород приехал в Москву. Остановился в Богоявленском монастыре у владыки-настоятеля епископа Трифона. Сдал в Синодальную контору свою походную церковь. Из Москвы уехал не сразу: хотелось побывать у святынь, помолиться… Владыка Трифон без сомнения рассказал отцу Варсонофию о том, что творилось в Москве в этом весьма беспокойном для России 1905 году. Вот что позднее говорил владыка: «Вспоминаются мне ужасы 1905 года и этот молебен на Красной площади в день святителя Николая… Вспоминается мне, как в эти страшные дни Москва казалась как бы осиротелою, когда гремели всюду выстрелы и когда на каждом шагу грозила смерть»417.

4 февраля террорист Каляев бросил бомбу в карету Великого князя Сергея Александровича, супруга Великой княгини Елисаветы Феодоровны. Белый свет померк от кровожадности приверженцев «свободы»…

В конце октября 1905 года отец Варсонофий посетил Вознесенский женский монастырь в Кремле и виделся там с отцом Иоанном Кронштадтским.

Иеромонах Адриан, также бывший на Дальнем Востоке, вернулся в Оптину пустынь 6 октября (как и отмечено в скитской Летописи). Отец Варсонофий возвратился в скит и водворился в своей келии 1 ноября. 8-го, на скитской праздник Собора святого Архистратига Михаила, отец Варсонофий сослужил архимандриту Агапиту на литургии, совершавшейся в Иоанно-Предтеченском храме. «Отец Варсонофий, — отметил летописец, — имел на себе наперсный крест от Святейшего Синода выдаваемый, пожалованный ему 6 мая 1904 года». 9 января 1906 года в Летописи записано: «Читан в трапезе указ из Консистории о назначении братским духовником Оптиной пустыни скитского иеромонаха отца Варсонофия вместо увольняемого от духовничества по болезненному состоянию отца скитоначальника Иосифа»418. Старец Иосиф еще изредка служил и принимал народ, но все чаще недуг одолевал его, он испытывал головокружения; слабость порой не давала ему даже встать с постели. Но и тогда он принимал своих духовных чад, не оставляя их без окормления. Тут были и скитские братия, и сестры из Шамординской и других обителей. Весь облик отца Иосифа от страданий тела как бы истончился, высветлился, приобретя поистине ангельские черты. Случалось, даже видели неземной свет вокруг его головы.

С октября 1905 до начала июня 1906 года отец Иосиф не выходил из келии. Поэтому обязанности скитоначальника были возложены на отца Варсонофия. В Летописи отмечено, что 4 и 24 июня старец Иосиф приходил в храм и хотя не служил, но слушал богослужение и причащался Святых Христовых Таин.