Предчувствовал старец Варсонофий грядущие беды, которые Господь попустит пережить России. Вот одно из нескольких таких предчувствий, описанное Николаем Беляевым: «Прочтя вслух про гонения Диоклетиана, батюшка сказал: “Все эти гонения и мучения повторятся, очень может быть… Теперь все это возможно…”. Затем батюшка стал читать про себя, но вскоре отвлек меня от занятия и, указывая на картинку в книге, сказал: “Что это?”. Я прочел: “Развалины Колизея”. — “Да, заметьте, Колизей разрушен, но не уничтожен. Колизей, вы помните, это театр, где язычники любовались на мучения христиан, где лилась рекою кровь христиан-мучеников. Ад тоже разрушен, но не уничтожен, и придет время, когда он даст себя знать. Так и Колизей, быть может, скоро опять загремит, его возобновят, поправят. Попомните это мое слово. Вы доживете до этих времен… <…> Это время не за горами”»451.

Старец Варсонофий имел все те дары, которые имели его предшественники. «Отец Варсонофий был человек высокой богословской начитанности. По внешнему виду он очень напоминал одного из евангелистов. Все его лицо носило на себе отражение великой думы, высокой воли, недюжинного ума, глубокого чувства и безгранично-сильной веры. Но что особенно поражало и приближало к нему, — это его глаза. В них таился какой-то глубокий, проникновенный свет. Стоило только раз попасть под взгляд отца Варсонофия, чтобы почувствовать на себе всю чистоту и боговдохновенность этого человека»452. И, как многих из них, начали посещать его тяжкие недуги. Поначалу не всем это было видно. Только ближайшие к нему люди — келейники, письмоводители — замечали, как он часто прихварывает. С Николаем Беляевым он был откровенен и говорил ему иногда, что чувствует приближение смерти, что смерть как бы и приходила уже к нему, но Господь давал отсрочку. 31 января 1909 года Николай записал слова старца Варсонофия: «Я сегодня ночью думал, что умру. Насилу встал к утрени… Сначала было очень тяжело, но, когда я вошел в церковь — все как рукой сняло, сразу стало легче. К обедне тоже очень трудно было встать, а потом, слава Богу, бодро ходил». 1 марта: «Сегодня я очень плохо почувствовал себя и думаю: надо отдохнуть, лягу. “Брат Никита, — говорю я, — сегодня не будем отпирать женскую половину, в первый раз за три года… А я лягу, до трех часов не будите меня”. Лег, а помысл говорит: а может быть, там пришла какая-нибудь раба Христова со скорбью или другой какой насущной нуждой своей, — как же так? Надо отпереть… Позвал брата Никиту, сказал, чтобы он отпер, а сам встал; вскоре вся слабость прошла. А там действительно пришли [такие], которых надо было принять. И вот как Господь подкрепляет в таких случаях». 30 марта: «Батюшка захворал, даже не принял братию на благословение. <…>…Батюшка сказал мне: “Сегодня ночью я чуть было не умер”. Что за болезнь такая, я не знаю. Говорили, что перемена пищи повлияла на весь организм, в особенности на желудок». 15 декабря: «Батюшка почувствовал такую слабость, что не мог стоять за вечерними молитвами и сразу лег спать»453. Со временем болезненные состояния старца возрастали. Жить ему оставалось около четырех лет…