Господство беспардонного безбожия продолжалось недолго. Могущество гербертистов и дантонистов, представителей крайних партий Конвента, уже следующей весной было сломлено. По предложению Робеспьера, признававшего веру в Божественное откровение, как основу добродетели и порядка в государстве, было допущено признание высшего существа и бессмертье души. Одновременно с этим был введен новый культ, имевший 39 праздников, в том числе 36 декад республиканского календаря. Вскоре Робеспьер пал. Восторжествовавшие более умеренные элементы повели дело дальше. В 1795 г. был восстановлен христианский культ. Первоначально отправление его было дозволено в частных домах. Вскоре общинам были переданы неотчужденные еще церкви, которые были отобраны государством в первые дни второго года республики (22 сентября 1793 г.). Также неприсягнувшее духовенство получило возможность снова отправлять богослужение, если только оно подчинялось республике и ее законам, исключая «Constitution civile du clerge». Напротив, над прочим духовенством все еще тяготел прежний гнет. При таких обстоятельствах не было недостатка в страданиях церкви и во времена Директории. Казни продолжались. Позднее, когда все уже пошло к лучшему, многие сотни были сосланы в Гвиану и на острова Рэ и Олерон (1797 г.). Также и в других отношениях проявлялся враждебный христианству дух. Выступившая в жизнь деистическая секта теофилантов на некоторое время попала в особый фавор правительства из-за того только, что она силилась заменить собой церковь. Возобновившиеся одновременно с сим попытки правительства добиться от народа признания республиканского календаря с национальными праздниками и торжественными днями, были равным образом посягательством на христианский культ и воскресение. Лежавшая в этом враждебность христианству окончательно прекратилась только во времена консульства.

Для папского престола революция сопровождалась не одним только лишением находившихся во Франции имуществ. Когда французы, под начальством генерала Наполеона Бонапарта, в 1796 г. завоевали Ломбардию, то они напали на папскую область в Италии. По Толентинскому миру 1797 г. (19 февраля), кроме Авиньона и Венесена к Франции от папы перешел суверенитет также и над Феррарой, Болоньей и Равенной. В конце года генерал Дюфо был убит во время мятежа в Риме. После этого в самом вечном городе в 1798 г. была провозглашена республика, а Пий VI через Сиену и Чертозу у Флоренции был сослан в Валенсию, где он и умер в 1799 г.

Республиканская эра началась с 22 сентября 1792 г., первого дня республики. Год начинается с того же осеннего дня, с полуночи, и распадается на 12 месяцев по 30 дней, 36 недель по 10 дней, называемых декадами и 5-ю или 6-ю дополнительными днями. Окончательная отмена этого календаря последовала в 1805 г. Христианское воскресение было признано уже в 1802 г., когда по конкордату с папой оно было сделано неприсутственным днем.