Едва Пий VII возвратился в Рим, как от него потребовали расторжения брака Иеронима Бонапарте (1803 г.) с мисс Петерсон. Вскоре вопреки всякому праву была занята Анкона и папе предъявили требование считать всех врагов Франции за своих собственных и соответственно с этим изгнать из пределов папской области русских, англичан и шведов, а их корабли — из своих гаваней. Когда Иосиф Бонапарте был посажен на Неапольский трон и Пий по этому поводу напомнил о принадлежавшем исстари папскому престолу праве верховенства в отношении королевства двух Сицилий, то ему стали грозить занятьем его государства. В Светлую мессу 1808 г. французы в самом деле ворвались в Рим. Два месяца спустя несколько папских провинций, а в 1809 г. вся папская область были подчинены французскому верховенству, вернее были объединены с королевством Италии. Папа на это ответил анафемой. Тогда он в качестве военнопленного был отправлен в Савойю, кардинал статст-секретарь Пакка был заключен в крепости Фенестрелле в Пьемонте, а остальные кардиналы, исключая престарелых и больных, отправлены в Париж. Когда император расторг свой брак с Жозефиной Ташер, вдовой маркиза Богарне, то 13 кардиналов отказались благословить его новый брак с эрцгерцогиней Марией-Луизой, так как первый брак был расторгнут не папой, единственным компетентным судьей по этим делам, но судом французской местной церкви. Тогда император приказал низложить всех их и попарно разослать в ссылку по различным городам Франции (1810 г.). Между тем положение Пия еще более ухудшилось. Лишенный своих советников, он отказывал в утверждении представляемых ему кандидатов в епископы. В виду этого папа был ограничен в свободном общении с прочим миром, при чем издержки по его двору были сокращены до минимума. Вообще немилость императора всячески давали ему почувствовать.

Вследствие постепенного с течением времени увеличения вдовствующих кафедр, Наполеон задумал план замещения их без содействия, вернее, вопреки воле папы. Для осуществления этого дела в 1811 г. в Париже был созван национальный собор. Под давлением властителя последний после некоторого упорства, действительно, предоставил митрополитам право утверждения епископов в случае отказа папы даровать свою институцию представленным ему кандидатам в течение 6 месяцев. Обманутый неправильным изображением положения вещей, сам Пий тогда согласился на это. В Фонтенбло, куда летом 1812 г., во время русского похода, он был привезен, Пий должен был сделать еще и дальнейшие уступки во время начатых Наполеоном в начале 1813 г. личных с ним переговоров. Согласно предварительным условиям нового Конкордата, который здесь замышлялся, папе предоставлялось с двухмиллионным годовым доходом избрать себе местожительство во Франции или Италии, причем императору предоставлялось право номинации во все епископства этих двух стран, исключая 6 субурбикарных и 10 других епископий. Впрочем, император требовал признания 4 «Галликанских артикулов», назначения Парижа папской столицей, определения двух третей кардиналов католическими государями и торжественного порицания «черных» кардиналов за непочтительное отношение к его свадьбе. Требования эти были отклонены. Впрочем, и вышесказанные определения не вошли в жизнь. Во то время, как Наполеон, чтобы обеспечить за собой полученный выигрыш, немедленно приказал отпраздновать во всех церквах заключение мира пением «Te Deum» и сообщить соответствующие артикулы сенату, Пий весьма обеспокоился по поводу сделанных им уступок и особенно по поводу отказа от папской области, которое implicite означало дальнейшее расширение императорского номинационного права. В виду этого, когда большинство собравшейся около него коллегии кардиналов высказалось против, то папа отказался от договора. Одновременно он вступил в новые переговоры. Когда сила Наполеона в том же году была сломлена, то Пий потребовал прежде всего своего освобождения. Таковое последовало весной 1814 г., после того как он незадолго до этого был опять водворен в Савойе. К переговорам с императором папа, однако, более не приступал. В то время, как Пий возвращался в Рим, Наполеон в Фонтенбло восстановил свое могущество. Через несколько месяцев, однако, он вновь его лишился и на сей раз уже навсегда.