В то время как в Пруссии дела заметно улучшились, в Средней и Южной Германии все оставалось еще по-старому, как в весьма спорном также и здесь вопросе о смешанном браке, так и в других отношениях. В 1841 г. епископ Келлер Роттенбургский внес в Вюртенбергскую палату сословий предложение предоставить церкви обещанную учредительной грамотой автономию. Шаг этот имел лишь весьма ограниченные результаты. Чтобы добиться для церкви надлежащей свободы, нужны были большие усилия. Борясь до сих пор порознь, епископы должны были решиться на соединенное выступление. Направление это начинается с тревожного 1848 г. Еще осенью этого года весь немецкий епископат, под председательством архиепископа Гейселя Кельнского, собрался на совещание в Вюрцбурге. Вскоре произошло собрание епископов Верхне-Рейнской провинции в Фрейбурге (в 1850 г.), где было обнародовано обращение к правительству, в котором провозглашались права епископов: на образование и назначение на должности духовенства и сосредоточие в их руках дисциплины, права на преподавание в школах, религиозное руководительство и управление церковным имуществом (1851 г.). Так как ответ правительства был неблагоприятен, то после второго собрания в Фрейбурге последовало второе обращение к правительству (1853 г.). В то же время епископы выступили более энергично, осуществляя главнейшие из заявленных своих прав. Вследствие упорства некоторые попали под надзор полиции и даже были арестованы. Все же вышеописанные события произвели известное впечатление. По прошествии некоторого времени государства вступили с церковью в переговоры. Вюртембергом (1857 г.) и Баденом (1859 г.) были заключены конвенции с Римом, а Гессен-Дармштадтом (1854 г.) и Нассау (1861 г.) — с епископами Майнцским и Лимбургским. Вследствие противоречия настроению сословий оба первых соглашения вскоре были уничтожены. При таких обстоятельствах государству пришлось урегулировать этот вопрос законодательным порядком. Это произошло в Вюртемберге (1862 г.) и совершилось настолько успешно, что страна немедленно была обрадована наступлением религиозного мира. Напротив, в Бадене вскоре после этого произошла новая распря: после смерти архиепископа И. Викари (1868 г.), Фрейбургская архиепископская кафедра была даже 14 лет вакантной. А в Гессене конвенция встретила такое враждебное отношение, что епископ Кеттлер Майнцский сам отказался от нее (1866 г.).

Подобно государствам Верхне-Рейнской церковной провинции, Бавария, вопреки принятым на себя по конкордату 1817 года обязательствам, взяла на себя широкую опеку над церковью. Только Людовик I (1825–1848 гг.) отнесся к ней более милостиво и более справедливо. Он предоставил епископам свободное общение с Римом (1841 г.) и учредил несколько монастырей. Наконец в постройке или только в реставрации великолепных церквей он проявил свой высокохудожественный вкус и свое религиозное настроение. С целью добиться еще новых прав, епископат, после отречения Людовика I, обращался два раза с представлениями к его сыну Максимилиану II (1848–1864 гг.) и, если не все, то некоторые из его требований были удовлетворена.