И у украинских иерархов – киевского митрополита Михаила Рогозы, пяти епископов и трех архимандритов – возникла мысль, как модернизировать местное православие и встроить церковную структуру в политическую систему Речи Посполитой, где господствовали католики. В 1596 году они подписали Брестскую церковную унию, где признали верховенство папы. Уния предполагала сохранение ряда догматов и обрядности византийской традиции, то есть это действительно был компромисс.

Польские власти с энтузиазмом отнеслись к проекту: официальные органы требовали передачи всех храмов под юрисдикцию униатской церкви. Однако нашла коса на камень: проснулась паства. В те времена религия часто заменяла национальную идентичность, и русин-украинец был тождественен православному, а поляк – католику. И покушение на устои вызвало общественное возмущение. Паства не пошла за пастырями. Ситуация казалась многим катастрофической: православная церковная иерархия исчезла. Киевская митрополия стала униатской. А это совпало с новыми общественными процессами: усилением конфликта между магнатами, шляхтой и крестьянством, ростом влияния казачества, которое имело, конечно, порой несколько своеобразное видение православия, однако православие было одной из фундаментальных основ его идеологии.

Начался период казацких восстаний (1593–1638), происходивших из-за несовместимости казацкого сообщества с феодальной системой Речи Посполитой, но тем не менее в своих претензиях гетманы не забывали поднимать тему «защиты веры». Это расширяло их поддержку, да и совпадало с искренними предпочтениями.

На фоне унии возникла бурная религиозная полемика, которая уже имела печатную форму. Начинается активное возрождение православия, в частности, в Киеве – Киевском православном братстве (1616) и Киево-Печерском монастыре: школы и типографии тоже стали оружием православных. Войско же Запорожское на Надднепрянщине все эти процессы поддерживало. Гетман Петр Сагайдачный вступил в Киевское братство «со всем войском». Происходили акты насилия над униатскими священниками, и далее униатские и православные церковные структуры существовали параллельно. Одни были легальными, другие – нет.

Гетман Сагайдачный воспользовался приездом иерусалимского патриарха Феофана (о чем мы говорили выше). Он почти насильно склонил патриарха к тому, чтобы рукоположить нового православного митрополита Иова Борецкого и епископов, восстановить иерархию и епархии. Варшава этого не признала, но в 1632 году, во времена митрополита Петра Могилы, была вынуждена это сделать официально. И хотя в 1646 году уния распространилась на Закарпатье, вдоль Днепра этот проект провалился.