Позднее Липкивский жил в усадьбе Софийского собора, пока последний не превратили в музей. Никто из оставшихся легальными иерархов УАПЦ с ним не общался. Он существовал впроголодь на Соломенке, в предместье Киева, где когда-то служил.

В 1929–1930 годах состоялся судебный процесс «Союза освобождения Украины», по которому пошли многие из основателей УАПЦ. Начались репрессии против украинской интеллигенции.

В 1930 году инспирированный властями собор объявил о роспуске УАПЦ. Десятки священников и тысячи верующих были отправлены в лагеря. Заменивший Липкивского компромиссный митрополит Николай (Борецкий) сошел с ума в тюрьме.

В 1937 году Василий Липкивский получил приглашение из Канады возглавить местную украинскую церковь. Но, вероятно, его письма читали, или просто пришло его время. В октябре его снова арестовали, а в ноябре приговорили к расстрелу. Его сын тоже был расстрелян, другие дети высланы. Такой была печальная история украинской церкви, но она же и доказывает, что праведные пастыри существовали и в те жестокие времена.

Прадед автора, Михаил Козаченко, один из мирян, активно помогавших УАПЦ, в 1938 году после пыток в Лукьяновской тюрьме в Киеве был выслан в Кзыл-Орду. Но своего внука-тезку Михаила он в 1941 году тайно крестил у высланного туда же автокефального священника. Принципиальных приверженцев автокефалии было не остановить никакими репрессиями.

Новый подъем автокефального движения произошел во время Второй мировой войны. Тогда на Пинском соборе 1942 года УАПЦ восстановилась, часть иерархов была рукоположена Польской автокефальной православной церковью. При немецкой администрации священникам УАПЦ доставалось за связи с ОУН-УПА, а советское «освобождение» обещало им гибель в тюрьмах и лагерях. С наступлением Красной Армии вся иерархия и многие священники уехали на запад, став частью украинской диаспоры. Ехали они не на пустое место, поскольку «УПЦ в США и диаспоре» существовала с 1924 года. Новая волна эмиграции из Советской Украины лишь усилила эту конфессию православных украинцев в разных странах мира. В 1971–1993 годах ее возглавлял митрополит Мстислав (Скрипник), которого похоронят уже в независимой Украине как главу УАПЦ.

Очередное национальное и церковное возрождение периода перестройки оживило автокефальные настроения в Украине. В 1990 году состоялся Всеукраинский собор УАПЦ, и новую церковь возглавил Мстислав. Однако далее последовали брожения в среде клира и мирян в украинском православии. Процесс суверенизации Украины очевидно влиял и на церковную жизнь, а традиции московского православия с трудом уходили в прошлое.