Хавьер также попытался основать школы и оставить там, где оказывалось возможным, европейских священников. Хотя подобные попытки пасторской заботы не излечивали недостатки его методики проповедования Библии, тем не менее люди позволяли это делать, лишь только он открывал дверь. Необычно, чтобы одному человеку удалось сделать так много.

На Востоке проповедники христианства столкнулись с проблемой, которая вряд ли возникала в Америке, — здесь они столкнулись с великими религиями. Те иезуиты, которые в 1579 году отправились ко двору Великого Могола, потомка завоевателя Индии Акбара, выяснили, что их христианский культ осуществляется в храме, который Акбар построил в городе Фатехпур-Сикри. Однако христианам приходилось делить здание с парсами (зороастрийцами, индуистами, джайнистами и буддистами.

Нормальное и традиционное отношение христиан к язычеству заключалось в том, что идолов следовало разбить. В 1560 году в Гоа привезли приписываемый Будде зуб. И хотя обанкротившиеся местные португальские власти хотели принять предложение 100 000 фунтов стерлингов от одного раджи в обмен на этот зуб, архиепископ выступил с предложением уничтожить реликвию.

Испанцы в Америке и на Филиппинах придерживались принципа, что все старые религии следует уничтожить как языческие, тогда новая религия придет во всей своей чистоте. Епископ Манилы на Филиппинах принуждал китайских новообращенных отрезать свои косички и носить волосы точно так же, как это делали испанцы, что становилось видимым признаком, что китайцы освободились от своих еретических обычаев.

«Я ожидаю, — писал иезуит Вилела в 1571 году после того, как увидел верующих, танцующих у синтоистского храма в городе Касуга, Япония, — я думаю, что мне придется действовать подобно тому, как поступил Илья-пророк со жрецами Ваала».

Однако в связи с религиозными обстоятельствами Индии и Китая подобные имевшие древнееврейские истоки обычаи внутри христианского мира впервые начали меняться. Поскольку терпимость и эклектика считались добродетелью среди индусов, а святость и аскетическая жизнь ценились и индусами и буддистами, некоторые христианские миссионеры с уважением стали относиться к этим религиям. И у них возникало неприятие старых методов — они воспринимали их как препятствие к истинному проповедованию христианства. Даже Хавьер изменил свои ранние представления по поводу «сбрасывания идолов».

Проявления подобной «деликатности» в отношении обычаев или верований нехристиан обычно не нравились и отвергались доминиканцами, в определенной мере ограничивались иезуитами.