Прошло чуть более трёх месяцев, и 10 октября 1836 г. граф представил императору новый доклад, в котором говорил о необходимости учреждения под его, Протасова, непосредственным наблюдением Хозяйственного комитета. 14 ноября 1836 г., получив одобрение Николая I, обер-прокурор представил на его утверждение проект положения о Хозяйственном комитете. Членами его предполагалось назначить чиновника за обер-прокурорским столом, директора синодальной канцелярии, юрисконсульта и правителя дел Комиссии духовных училищ. Реформаторский пыл обер-прокурора чем дальше, тем больше разгорался: новый обширный доклад императору был сделан 22 февраля 1839 г.[625] В нём все идеи по реформированию главного управления духовного ведомства были систематизированы.

Доклад получил одобрение императора и 1 марта 1839 г. граф Н. А. Протасов получил позволение внести на высочайшее утверждение составленные проекты указа Св. Синоду об упразднении Комиссии духовных училищ; положения о Духовно-учебном управлении при Св. Синоде; положения о Хозяйственном управлении при Св. Синоде, и указа Правительствующему Сенату о соединении отделений духовных дел православного и греко-униатского исповеданий с Канцелярией обер-прокурора. Рассматривавший вопрос об отношении обер-прокуроров к Св. Синоду профессор Казанской духовной академии Ф. В. Благовидов полагал, что верховная власть, утвердив проекты указов, положений и новых штатов, «тем самым не только окончательно упрочила за прокуратурой преобладающее влияние на всю систему церковного управления, но и создала для синодального обер-прокурора положение фактического министра духовного ведомства, так как реформа 1 марта 1839 года сосредоточила действительное заведывание всеми делами синодального ведомства в четырёх вновь организованных или значительно преобразованных центральных учреждениях, хотя и существовавших при Св. Синоде, но уже находившихся “под главным начальством обер-прокурора”»[626].

В результате «реформы 1 марта 1839 г.» реальное заведывание всеми делами синодального ведомства сосредоточилось в четырёх вновь организованных или кардинально преобразованных центральных учреждениях, хотя и существовавших при Св. Синоде, но с тех пор находившихся под непосредственным управлением обер-прокурора. Графу Протасову удалось завершить процесс подчинения синодального управления влиянию обер-прокурорской власти, до конца жизни удерживая за обер-прокуратурой приобретённое в конце 1830-х значение. В случае обсуждения предметов особой важности по назначению обер-прокурора собиралась Консультация – своеобразный «совет министра», состоявший из начальников структурных подразделений Св. Синода. Повышенные штаты и штатные оклады чиновников ведомства православного исповедания, введённые с 1 марта 1839 г. и соответствовавшие штатам сходных департаментов министерств, просуществовали около 30 лет, до конца 1860-х гг.[627]