Симпатии Фахр ад-Лина к христианам заставили некоторых объявлять его христианином. По словам Сэндиса, «никто не видел, чтобы он молился, он никогда не появлялся в мечети». Д’Арвье полагал, что эмир исповедует религию своего народа, «у которого нет религии». Вполне вероятно, что он, как и другие Мааны, представал мусульманином перед османскими властями и внешним миром, а в душе был друзом, как и его народ. Согласно одному источнику, в 1633 году его крестил монах-капуцин, его врач.

Социально-экономическая программа эмира не заставила его пренебречь и военными потребностями своего государства. Доходов от увеличения торговли, особенно за счет морских портов Триполи и Сидона, хватало и на первое, и на второе. В то время с особым успехом выращивались тутовые деревья. Годовой доход эмирата оценивался в 900 тысяч золотых фунтов, из 43 три тысячи шли в императорскую казну. Используя новейшее материально-техническое оснащение из Тосканы, Фахр ад-Дин снарядил армию численностью от сорока до ста тысяч человек, в основном маронитов и друзов, и отстроил некоторые из старинных замков. Крепость, венчающая гору в Тадмуре, до сих пор носит его имя. Эти возросшие вооружения, переговоры эмира с европейцами и симпатии к христианству снова привлекли к нему подозрительные взоры султана. В 1633 году Мурад IV приказал своему вали в Дамаске Кючюку Ахмед-паше выступить на Фахр ад-Дина во главе огромной армии, набранной в Анатолии и Египте. Тем временем флот под командованием Джафар-паши открыл действия против прибрежных крепостей и портов. Подчиненные Фахр ад-Дину Сайфы, Харфуши и йемениты отступились от него. Его храбрый сын Али, управлявший Сафадом, пал в битве в Вади-ат-Тайм у подножия горы Хермон. Просьбы эмира о помощи к его итальянским союзникам остались без ответа. В течение нескольких месяцев он скрывался в Калаат-Нихе, а затем в почти неприступной пещере в горах у Джаззина, где его наконец обнаружили и вместе с тремя сыновьями в цепях доставили в Константинополь (около 10 февраля 1635 г.). Красноречие, которое когда-то спасло эмират его деду, на этот раз спасло ему жизнь – но лишь ненадолго. Он обратился к султану с такими словами:

«Поистине я был неверно понят. Никогда я не собирал никаких войск, иначе как по приказу ваших визирей и чиновников; не строил никаких крепостей, иначе как для защиты страны; и никого не убивал, иначе как мятежников против Османской империи. Я захватывал крепости повстанцев только ради того, чтобы передать их правительству. Более того, я обеспечил безопасность паломникам на пути [в Мекку] от разбойников-бедуинов; я в срок доставлял налоги в императорскую казну; я соблюдал высокий исламский закон [шариат], строго следуя всем его постановлениям и правилам».