Следствием власти природной аристократии было естественное порабощение, так как достигшие большего совершенства должны иметь власть над менее совершенными. Теория Аристотеля в интерпретации Сепульведы давала полномочия цивилизованным народам подчинять себе силой оружия, если другие средства оказывались бессильными, те народы, «которые требуют ввиду своей собственной природы и в их собственных интересах, чтобы их привели под власть цивилизованных и добродетельных владык и народов, чтобы они могли учиться у силы, мудрости и закона своих завоевателей и обрести лучшую нравственность, более достойные обычаи и более цивилизованный образ жизни». Сепульведа был слишком сдержанным полемистом, чтобы нацеливать на индейцев такой арсенал оскорблений, какие, например, употреблял историк Овьедо; но он не утверждал, что индейцы живут, полностью пренебрегая естественным правом, и указывал на саму их неспособность противостоять вторжению испанцев как на еще одно доказательство их более низкого развития, требующего сильного и мудрого правления для их же блага.

Из всего вышеизложенного Сепульведа делал выводы, оправдывавшие чисто светское право испанцев править в Новом Свете. Но таковыми не были его намерения. Распространение веры казалось ему, как и его современникам, священным долгом, и, хотя его богословские аргументы не были логически необходимы в общем развитии его мысли, они не представляли никаких противоречий. Compelle eos intrare (лат. заставь их вступить) – вот что было подоплекой его миссионерской теории. Принудительное крещение Сепульведа считал несправедливым и бесполезным; и язычество само по себе не являлось причиной для справедливой войны; но эффективное обращение в христианство больших групп язычников было невозможно, разве что после длительного контакта с христианами. Индейцы не хотели ни принимать христианство немедленно просто по приказу чужеземцев, ни менять свой образ жизни за несколько дней. Чтобы они могли учиться у миссионеров и подготовиться к вхождению в церковь, необходимо было дать им цивилизованную форму правления и поместить под опеку с их согласия или без него. Цивилизация и христианство шли рука об руку. Завоевание было религиозным долгом, актом благотворительности по отношению к невежественным и несчастным соседям.

Естественное право, по мысли Сепульведы, давало испанцам четко определенную последовательность прав на завоевание и колонизацию Нового Света. Существовали четыре главных права, позволявшие одному народу начать справедливую войну: естественное право ответить силой на силу; возвращение себе несправедливо отнятых владений; необходимость наказать преступников, не наказанных своими собственными правителями (так как все люди – соседи, взаимно отвечающие друг за друга); обязанность подчинить себе варварские народы силой, если они отказываются подчиниться добровольно власти более развитого народа. Последнее право зависело, в свою очередь, от четырех причин: естественной рабской природы варваров и вытекающей из этого необходимости иметь цивилизованного хозяина; их привычных преступлений против естественного права; тяжелого положения подданных правителей-варваров, которые были жертвами угнетения, несправедливых войн, рабства и человеческих жертвоприношений; и долга дать возможность миссионерам мирно проповедовать Евангелие. Все христианские и цивилизованные народы пользовались этими правами и имели эти обязанности. Особые права и обязанности у Испании в Новом Свете появились по трем причинам: ввиду естественного превосходства испанцев над другими христианскими народами; права первооткрывателей на оккупацию земель, у которых не было законного правителя; и указа папы римского, одновременно являвшегося духовным поручением обращать язычников в христианство и передачей в дар юридически незанятой территории.