Пока Ватац находился в Фессалониках, в Малую Азию вторглись монголы. В июне 1243 года они нанесли поражение султану Кей-Хосрову II в битве при Кёсе-даге. Императора Трапезунда, который был вассалом султана, постигла такая же участь. К счастью, монголы ушли, оставив после себя разоренный султанат, однако никейские земли остались нетронутыми. Болгарское царство тоже сильно пострадало от этого недавнего вторжения варваров, а смерть в 1246 году Коломана, двенадцатилетнего сына Ивана Асеня, и восшествие на трон его младшего сводного брата Михаила еще больше осложнили обстановку, в которой Ватац воодушевленно планировал добиться успеха. К осени он занял большую часть Северной Македонии и еще стоял в ней лагерем, когда к нему прибыла группа жителей Фессалоник с предложением: если он гарантирует оставить городу его древние права и привилегии, Фессалоники сдадутся без боя. Ватац сразу согласился и в декабре вошел в город, не встретив сопротивления; он выслал старого Феодора и оставил в качестве вице-короля своего дальнего родственника Андроника Палеолога.

Прежде чем сосредоточиться на Константинополе, Ватацу предстояло победить еще одного врага. Примерно за девять лет до того Эпир отделился от Фессалоник и вновь возродился под властью Михаила II, незаконнорожденного сына изначального основателя Эпира Михаила I. Иоанн Ватац не стал на него нападать; вместо этого в 1249 году он заключил с Михаилом договор о дружбе, скрепив его браком между своей внучкой Марией и сыном Михаила Никифором. Все еще не смирившийся с поражением Феодор убедил своего племянника снова взяться за оружие против Никейской империи, но Иоанн Ватац больше не стал рисковать и в начале 1253 года вынудил деспота сдаться. Михаил потерял большие территории, а его сына Никифора увезли ко двору Ватаца в качестве заложника и гаранта хорошего поведения отца в будущем. Что касается старого, слепого, невыносимого Феодора, то его отправили в тюрьму, которой он так заслуживал и в которой окончил свои дни.

Латинская империя утрачивала устойчивость. Уже в 1236 году молодой император Балдуин, которому тогда было девятнадцать лет, поехал в Италию в отчаянной попытке собрать людей и деньги и вернулся на Босфор лишь в начале 1240 года. Из-за острой нехватки ресурсов было принято еще одно решение, серьезно деморализовавшее и греков, и латинян: Венеции отдали в залог самый священный предмет, которым владел Константинополь, – терновый венец, некогда надетый на голову распятого Христа. Император не смог его вернуть, и этой возможностью воспользовался король Франции Людовик IX Святой, построивший для этой реликвии церковь Сент-Шапель.