Теперь Феодор мог заняться своим новым государством, ни на минуту не усомнившись, что его подданные рано или поздно вернутся в свою законную столицу. Он во всех мелочах следовал старой византийской традиции, и после его коронации в 1208 году существовало два императора Восточной империи и два патриарха – латинянин в Константинополе и грек в Никее, каждый изначально настроенный на то, чтобы уничтожить другого. На следующий год брат и преемник Балдуина Генрих I Фландрский переступил через моральные принципы крестоносца и заключил военный союз с сельджуками, которые тоже считали угрозой греческое государство в Малой Азии; в результате этого в 1211 году он нанес Феодору серьезное поражение и дошел до Пергама и Нимфея, однако с тыла его слишком сильно теснили болгары, и он не смог продолжить наступление. В конце 1214 года два императора согласились заключить мирный договор: Генрих сохранил северо-западное побережье Малой Азии до самого Адрамитиона, а все остальные территории вплоть до границы с сельджуками отошли Феодору.

Молодая империя получила от крестоносцев официальное признание своего права на существование. Почти одновременно вновь начала приходить в упадок Латинская империя. В июне 1216 года в Фессалониках умер Генрих. Всего за десять лет, уважая права и религию своих греческих подданных и достигнув баланса власти с Никеей, он спас дело, казавшееся проигранным. Генрих умер бездетным, и в качестве его преемника франкские бароны избрали Пьера де Куртене, мужа сестры Генриха Иоланды. Пьер, находившийся в то время во Франции, выехал на Восток в первые недели 1217 года. К несчастью, он остановился в Дураццо, чтобы освободить город от эпирского деспота, но эта попытка окончилась провалом: его взяли в плен, бросили в тюрьму, и больше о нем никто не слышал.

Императрица Иоланда, мудро решившая ехать вместе с детьми морем, благополучно прибыла в Константинополь, где родила сына Балдуина. После этого она правила как регентша до своей смерти в 1219 году. Она упрочила примирительную политику брата, отдав свою дочь Марию в жены Феодору Ласкарису, однако эту новость с ужасом восприняли в Эпире, где быстро восходила звезда деспота Феодора. Он так и не принял договор 1214 года, а теперь, как он заявил, произошло новое предательство. Истина же заключалась в том, что Феодору было мало Эпира: будучи законным правнуком Алексея I, он мог похвастаться гораздо более серьезным правом на императорский трон, чем Ласкарис. Его ближайшей целью теперь стали Фессалоники, но в глазах Феодора Ангела Дуки Комнина они были лишь первой ступенькой к Константинополю.