В первый период своего правления Екатерина активно проводила реформы, следуя курсу Петра I и стремясь воплотить в жизнь идеалы французских просветителей.
В 1763 г. Екатерина реформировала Сенат. Он был разделен на 6 департаментов со строго определенными функциями. Роль и значение Сената усилились, улучшилась эффективность государственного управления.
Екатерина II попыталась провести также юридическую реформу, создать законы, перед которыми были бы равны все подданные России, включая самого монарха. Однако этот принцип противоречил сословному устройству общества, поэтому попытка юридической реформы провалилась.
В 1762 г. Екатерина II подтвердила введенный Петром III манифест «О вольности дворянства». Таким образом, дворянство закрепилось как единственное в России свободное сословие.
В 1763–1764 гг. Екатерина провела секуляризацию церковных земель, то есть передала их в введение государства. Церковь лишилась экономической самостоятельности и полностью стала зависеть от государства. Екатерина II восстановила практику преследования раскольников, но при этом позволила иностранным колонистам и выходцам из других стран исповедовать свою религию: лютеранство, католичество.
В 1773–1775 гг. произошла Крестьянская война под предводительством Емельяна Пугачева, выдававшего себя за чудом спасшегося императора Петра III. Восстание было подавлено, однако Екатерина II была напугана произошедшим: она впервые почувствовала серьезную угрозу своей власти. После этого Екатерина II изменила курс своей внутренней политики. Идеалы просвещенной монархии были забыты. Теперь все усилия Екатерины II были направлены на укрепление абсолютной власти императора.
В 1775 г. была проведена губернская реформа, в результате которой власть на местах значительно усилилась, возросли ее возможности и ответственность. «Жалованная грамота дворянству» и «Жалованная грамота городам» от 1785 г. упорядочили социальную структуру общества, разделив его на 5 сословий: дворянство, духовенство, купечество, мещанство и крепостных.
Осознавая, какую власть литература может иметь над умами, Екатерина II не гнушалась применять полицейские методы в борьбе с оппозиционными литераторами, в частности с А. Н. Радищевым и Н. И. Новиковым.
При Екатерине II расцвета достиг фаворитизм. С 1753-го по 1796-й г. у нее было 15 фаворитов, в частности, Г. Г. и А. Г. Орловы, П. А. Зубов и предполагаемый тайный муж Екатерины II Г. А. Потемкин.