Как Того и предполагал, он предстал перед судом Международного военного трибунала для Дальнего Востока, более известного как Токийский процесс. Суд над японскими военными преступниками шел два с половиной года с 3 мая 1946 года до 12 ноября 1948 года. Того было предъявлено обвинение в развязывании агрессивной войны и в преступлениях против человечности. Он был полностью оправдан по многим пунктам обвинительного заключения, но обвинен в «преступлениях против мира», имевших место во время его пребывания на посту министра иностранных дел в период с октября 1941 года по сентябрь 1942 года. Как заявил суд, в эти месяцы он играл ведущую роль в принятии Японией плана по ведению агрессивной войны. Однако, когда дело дошло до приговора, Того, единственный среди обвиняемых по этой статье, не получил пожизненного срока. Он был приговорен к 20 годам тюремного заключения.

Срок не имел значения. У него было расшатанное здоровье. Со времени своего ареста и до смерти он провел половину своей тюремной жизни в госпиталях.

Достаточно только взглянуть на фотографии Того в его книге «Дело Японии», чтобы увидеть, как жизнь буквально утекала из его тела в те тревожные месяцы 1945 года. Вместо самоуверенного и подтянутого дипломата в кабинете министра иностранных дел в 1942 году мы видим совсем иного человека, исхудавшего, наслаждающегося солнечным теплом у окна в сентябре 1945 года. Между ними как будто пролегает дистанция, какую человек проходит за тридцать лет, — от мужчины мужественного и зрелого до бессильного больного старика.

На фотографии Того 1945 года мы видим Того (или это женщина?), сидящего в кресле, у него редкие седые волосы. Он носит очки с круглыми стеклами и тонкой оправой. Его щеки припухлые, как и губы. У него впалая грудь и длинная шея, руки сжаты, лицо повернуто к солнцу. Он отдыхает. Ждет. Искра в душе погасла. Конец предрешен.

В тюрьме Сугамо Того тщательно описал все события своего времени, включая, конечно, и те, в которых принимал участие, не имея под рукой документальных материалов. Его жене и дочери было позволено посещать его в госпитале дважды в месяц с продолжительностью свидания полчаса. Это было во время их посещения в середине июля 1950 года, когда он передал им несколько записных книжек со своими заметками и попросил их дать отзыв на них. Это была его последняя встреча с ними. Он умер 23 июля 1950 года в возрасте 67 лет.

Последние фразы его книги звучат как эпитафия: «Живо предстает перед моим взором помещение, в котором проходила Императорская конференция, на которой император принял решение о капитуляции. И я вспоминаю вновь мои тогдашние чувства. Осознавая, что Япония вечна, самое благословенное событие нашего времени — это конец самой ужасной из всех войн, что остановило агонию нашей страны и спасло миллионы человеческих жизней. В этом заключены труды всей моей жизни, и не важно, что выпадет на мою долю».