Ситуация изменилась, когда Палестинское общество возглавила Елизавета Фёдоровна. Продолжить то, что начинал и над чем многие годы работал её муж, она считала своим долгом. Кстати, заметим, что в данном вопросе Великая княгиня руководствовалась чётким пониманием собственных сил, возможностей и познаний. Когда Иван Цветаев предложил ей руководство Комитетом по устройству Музея изящных искусств (пост, ранее также занимавшийся Сергеем Александровичем), Елизавета Фёдоровна отказалась. И хотя в дальнейшем помогала музею, возглавлять его создание считала для себя невозможным. ИППО — совсем другое дело. Здесь удачно совпадали её чувства, стремления и перенятый от мужа опыт. Здесь ощущалось что-то близкое выбранному пути. 14 февраля 1905 года Елизавета Фёдоровна стала вторым председателем Палестинского общества.

Спустя два года ИППО отмечало своё 25-летие. На торжествах, прошедших в Петергофе и в Сергиевском дворце Петербурга, не без гордости отмечалось: «Ныне, обладая в Палестине владениями ценностью почти в два миллиона рублей, Православное Палестинское общество имеет 8 подворий, где находят приют до 10 тысяч паломников, больницу, шесть лечебниц для приходящих больных и 101 учебное заведение с 10 400 учащихся; за 25 лет им выпущено в свет 347 изданий по палестиноведению». Конечно, имелись и проблемы, в том числе финансовые. С большим трудом Елизавете Фёдоровне удалось избежать закрытия некоторых школ общества в Сирии, а заодно освободить его от ежегодных выплат на содержание Русской духовной миссии в Иерусалиме.

В тесном сотрудничестве с такими деятелями ИППО, как М. П. Степанов, Н. М. Аничков, А. А. Дмитриевский, Н. Н. Селифонтов, князь А. А. Ширинский-Шихматов и другие, Великая княгиня трудилась над всеми встававшими перед организацией вопросами, особое внимание уделяя школьной сети. Но, связывая прежде всего миссионерскую деятельность с её духовной составляющей, Елизавета Фёдоровна не уставала хлопотать об усилении русского православного влияния в Святой земле. Из письма в письмо она напоминала Николаю 11 о необходимости защищать российские позиции и расширять достигнутое влияние. «В иерусалимском вопросе с нашей стороны есть упущения, легко устранимые, мне кажется, при спокойной твёрдости, — сказано в декабре 1913 года. — Если русский Государь говорит: “Я так хочу”, этого достаточно, и Бог благословит твоё желание... Почему мы должны бояться греков? Не понимаю, почему они наступают нам на пятки, а мы смиренно терпим! ...А хуже всего, что до сих пор у нас нет дня для служб у Гроба Господня; все остальные конфессии служат свои литургии: католики, греки, армяне, абиссинцы, копты и прочие, — все, кроме русских! Что же это такое!.. У них у всех даже есть часовни в Соборе, а у нас нет, мы ходим-просим и ничего не получаем, а наша прекрасная славянская служба и пение, конечно же, согрели бы сердца тысяч русских паломников». А в июне 1914 года она уже предвкушала скорую победу: «Два года я вынашивала в секрете свой драгоценный замысел об Иерусалиме, как будущая мать своё сокровище: когда наступит срок и дитя должно явиться на свет, она и боится, и радуется, и хочет всё подготовить, чтобы ему было хорошо, и чтобы другие разделили её радость. Но к её радости примешивается страх: как всё пройдёт, будут ли готовы наилучшим образом принять её бесценное чадо. Я сейчас в муках — до лучшего из дней, когда в нашей церкви у Гроба Господня наше духовенство отслужит первую литургию по-русски! Воистину Бог милостив, если этот великий день настанет!.. Какой это будет великий день для наших паломников, как разрастётся теперь наше Палестинское общество — и оно должно расти рука об руку с миссией. О, как я хочу быть там!» Мечты и мысли актуальные и поныне.