Практически каждый день Мария Николаевна писала в Тобольск сестрам и брату. Далеко не все письма те получили. Новости у цесаревны были невеселые: «Скучаем по тихой и спокойной жизни в Тобольске. Здесь почти ежедневно неприятные сюрпризы». Жизнь под арестом в Екатеринбурге оказалась сложной, намного труднее, чем в Царском Селе и Тобольске: «Только что были члены областного комитета и спросили каждого из нас, сколько кто имеет с собой денег. Мы должны были расписаться. Т. к. вы знаете, что у Папы и Мамы с собой нет ни копейки, то они подписали, ничего, а я – 16 р. 17 к., которые Анастасия мне дала на дорогу. У остальных все деньги взяли в комитет на хранение, оставили каждому понемногу, выдали им расписки. Предупреждают, что мы не гарантированы от новых обысков. Кто бы мог думать, что после 14 месяцев заключения так с нами обращаются. Надеемся, что у вас лучше, как было и при нас».

В письмах сестрам Мария Николаевна откровенно рассказывает о тяжелом положении, в котором они с родителями оказались в Екатеринбурге, а вот для больного брата она старалась находить более светлые краски в описании своей жизни. Хотя и признавалась Алексею Николаевичу, что ей «писать о чем-нибудь приятном трудно, подобного здесь мало», но тут же находила для него хорошие моменты: «…с другой стороны, Бог не оставляет нас, светит солнце и поют птицы. Сегодня утром мы услышали хор на рассвете».

Мария Николаевна очень волновалась о здоровье брата и скучала о сестрах. Главной причиной волнения было то, что письма из Тобольска в ответ на ее послания не приходили. Хотя старшие цесаревны после того, как узнали, что их родные находятся в Екатеринбурге, постоянно им писали. Время шло, а письма в Екатеринбург по-прежнему не приходили, 11 мая (29 апреля) расстроенная Мария Николаевна с тревогой писала в Тобольск: «Мы о вас ничего не знаем, очень ждем письма». И с надеждой добавляла: «Кто знает, может быть, это письмо дойдет к вам накануне вашего отъезда. Благослови Господь ваш путь, и да сохранит Он вас от всякого зла. Ужасно хочется знать, кто будет вас сопровождать. Нежные мысли и молитвы вас окружают». Только 12 мая (30 апреля) наконец-то заключенные в Ипатьевском доме получили телеграмму из Тобольска. Государь написал в дневнике: «Получили телеграмму из Тобольска, там все хорошо, письма наши доходят. Когда они приедут сюда, не знаем». Только через три дня охранники отдали арестованным письма цесаревен из Тобольска.

Наконец царской чете сообщили, что четверо их детей уже выехали из Тобольска. 23 (10) мая неожиданно стало известно – дети уже в Екатеринбурге. Государь писал в дневнике: «Утром нам в течение одного часа последовательно объявляли, что дети в нескольких часах от города, затем, что они приехали на станцию, и, наконец, что они прибыли к дому, хотя их поезд стоял здесь с 2 час. ночи! Огромная радость была увидеть их снова и обнять после четырехнедельн. разлуки и неопределенности. Взаимным расспросам и ответам не было конца. Очень мало писем дошло до них и от них. Много они, бедные, перетерпели нравственного страдания и в Тобольске, и в течение трехдневного пути». До самой ночи приехавшие ждали, что их вещи и кровати привезут с вокзала, но этого не случилось, в итоге цесаревны легли спать на полу. Мария Николаевна уступила свою кровать больному брату.