Мария Николаевна в тот момент, когда большевицкие власти начали ужесточать режим содержания Царской семьи, решила, что в случае крайней опасности она уничтожит, сожжет, свои личные бумаги. Приезд комиссара Яковлева она сочла именно такой серьезной угрозой, и чтобы ее дневники и письма не попали в чужие, враждебные руки, она сожгла свои дневники и письма от дорогих для нее людей.

Когда комиссар Яковлев, который хотел увезти из Тобольска всю Царскую семью, убедился: цесаревич болен и не выдержит тяжести дороги, то объявил, что царя он увезет в любом случае. Однако разрешил Государю взять с собой сопровождающих. Выбор для опасной поездки вместе с родителями пал на великую княжну Марию Николаевну. Это всем казалось оправданным и верным. Цесаревна, самая физически сильная и выносливая среди царских детей, должна была лучше других справиться со сложностями предстоящей дороги. А путь предстоял тяжелейший – весенняя распутица, нестойкий лед на реках, холод, отсутствие возможности согреться и отдохнуть. Да и спокойный, твердый характер великой княжны, ее доброта давали надежду на то, что она достойно, без срывов сможет выдержать возможные проблемы.

Последние сутки перед неизбежным отъездом императорской четы и Марии Николаевны вся Царская семья старалась проводить у постели больного цесаревича. Утром 26 (13) апреля 1918 года к «Дому Свободы» подъехали телеги, в которых были только подстилки из соломы. Для Государыни на дно телеги положили найденный на чердаке старый набитый соломой матрас, чтобы хоть как-то уберечь ее от тряски. В окружении конных красноармейцев, под плач остающихся в Тобольске трех цесаревен и верных фрейлин, Яковлев увез из Тобольска царскую чету с дочерью и несколькими приближенными. Никто из оставшихся и уезжавших арестованных не знал – куда именно комиссар с ними направится. Предполагали, что в Москву.

Самой тяжелой оказалась первая часть дороги от Тобольска до железнодорожной станции в Тюмени, больше 200 километров. Предстояло переправиться через две реки – Тобол и Иртыш, на которых в это время ожидали начала ледохода. Это было смертельно опасно: если бы лед двинулся, он смел бы телеги, лошадей, люди могли бы погибнуть. В дороге несколько раз колеса у телег ломались, путники останавливались, ждали, когда их починят. Лошади, утопая в грязи, с трудом тащили телеги; если животные совсем теряли силы, то людям приходилось какое-то время идти пешком. Опасными и трудными получились переправы через реки, их переходили пешком вброд в ледяной воде. В некоторых местах бродов вода лошадям поднималась до груди. От страшной тряски и переохлаждения у доктора Е.С. Боткина начались почечные колики, он с трудом передвигался и страшно страдал от боли. Из последних сил сохраняла мужество Государыня. Мария Николаевна стойко выдержала все испытания. Позже она так описывала их: «Дорога просто ужасная, замерзшая земля, грязь, снег, вода лошадям по живот».