Даллес сообщил Кеннеди о существовании плана высадки эмигрантов на территории Кубы сразу после избрания. Но пока никаких документов на этот счёт он не предоставил и даже не проинформировал о намечаемом районе сравнительно массированной высадки.

Через неделю после инаугурации, 29 января 1961 года, Даллес после нескольких просьб был, наконец, принят Кеннеди «по вопросу, не терпящему отлагательства». Новый президент явно стремился продемонстрировать Аллену, что намерен значительно больше дистанцироваться от ЦРУ, нежели Эйзенхауэр. Это объяснялось как общим недоверием Кеннеди к секретным службам, так и близостью Даллеса к консервативным кругам Республиканской партии, которые ещё несколько месяцев назад вели против него жёсткую предвыборную борьбу.

На встрече Даллес более или менее обстоятельно доложил о существовании нового варианта, предусматривавшего высадку десантников на побережье Кубы, их закрепление, провозглашение своего правительства и обращение за помощью к США. После этого предусматривалось немедленное вступление в действие американских вооружённых сил, которые должны были находиться поблизости на десантных кораблях. Директор ЦРУ признал, что новый план разработан на скорую руку и, возможно, страдает пока не выявленными недостатками⁵¹⁸. Неопытный президент не осмелился возражать, понимая, что имеет дело с маститым разведчиком. Единственный вопрос, который он задал Даллесу, состоял в том, согласован ли план с Пентагоном и Госдепартаментом. Ответ носил самый общий характер. Было ясно, однако, что информация названным ведомствам была предоставлена, но она носила выборочный характер: Госдепу — о самом факте предстоявших действий, Департаменту обороны — те же сведения, а также о количестве и классах необходимых кораблей, о предполагаемой численности десантных сил, причём подробности должны были срочно разработать сотрудники Пентагона. Кеннеди стало ясно, что из числа высших администраторов полностью в курсе намечаемых действий только сам директор ЦРУ⁵¹⁹.

В неудаче будущей операции определённую роль сыграли и личные взаимоотношения между ведущими администраторами, позиция Даллеса по отношению к новым членам правительства из группы Кеннеди. Аллен с явным презрением относился к новому секретарю по обороне Роберту Макнамаре, человеку сугубо штатскому, да ещё явному либералу, который совсем недавно был руководителем «Форд мотор компани». Сам Макнамара через много лет признавал свою некомпетентность в военных делах в первое время после того, как стал руководителем Пентагона. Он говорил на конференции, посвящённой 25-летию Кубинского ракетного кризиса: «Каждая новая администрация всё начинает сначала. Я говорил об этом раньше, и я знаю, что многие из вас смеются над этим, но нам следует поступать лучше, чем назначать президента компании “Форд Мотор” прямо на работу секретаря по обороне! (Смех.) Это очень опасно. Посмотрите, что произошло в заливе Свиней. У нас не было опыта, и мы просто не знали, что делать. Некоторые из нас учились очень быстро, но это очень опасно — ставить на властные посты личностей, совершенно безграмотных в регулировании взаимоотношений между сверхдержавами и удерживании международных кризисов. Это большая проблема»⁵²⁰.