Эти убеждения закономерно привели В. Несмелова в застенок. В 1930 году он был арестован ОГПУ (Объединенное государственное политическое управление) и обвинен в создании «контрреволюционной церковно-монархической организации „Истинно-Православная Церковь“». Два года длились изматывающие допросы больного старика. Его спрашивали о том, как он оценивает философское величие К. Маркса — «жалкий немецкий бюргер»; как относится к борьбе воинствующих безбожников с Церковью — «Мероприятия советской общественности, касающиеся Церкви, одобрить ни в коем случае не могу. Считаю, что духовенство властью притесняется». Настоящим огненным бичом били по красным палачам слова, обнаруженные в несмеловском дневнике: «Пламя классовой вражды, поминутно раздуваемое, вой геен и шакалов, ищущих добычи для подвалов, ссылок, тюрем… Это беспросветная, затяжная перманентная духовная пурга, бесовская свистопляска».

Казалось, мученическая смерть исповедника веры неминуема, но судьбу отвели революционные заслуги сына. С точки зрения атеистов имя знаменитого большевика спасло его отцу жизнь, а с точки зрения христиан — лишило мученического венца. Того венца, который Виктор Несмелов считал единственным достойным увенчанием человеческой жизни: «В наличных условиях человеческой жизни, действительность совершенной победы над грехом может утверждаться не на основаниях нравственной жизни, человека, а исключительно только на основании праведной смерти его за истину нравственной жизни… Действительное уничтожение греха может создаваться одной только мученической смертию человека за его любовь к нравственному добру. В этой именно смерти все грехи человека становятся его бывшими грехами, и всякая вина за все сделанные им грехи является его бывшей виною, потому что в момент своей мученической смерти он уже — не грешник, а напротив торжествующий победитель греха, бессильного подчинить его себе».

Виктор Иванович Несмелов мирно скончался 30 июня 1937 года, месяц не дожив до кровавого приказа НКВД № 00447, давшего начало Большому Террору, жертвой которого «церковник-контрреволюционер» непременно стал бы. Впрочем, к тому моменту мало кто знал, что он жив. Долгое время в выходивших и в эмиграции и в СССР трудах фигурировала неизвестно откуда взявшаяся дата смерти — 1920 год.

В обзорах по истории русской мысли Несмелова, конечно, упоминали. И то не все. Скажем, Н. О. Лосский в своём обзоре истории русской философии ухитрился его вовсе проигнорировать. С пристрастной враждебностью пишет о нём протоиерей Георгий Флоровский в «Путях русского богословия». Главка о В. Несмелове написана поверхностно, зло, без любопытства и без понимания, причём не уделено внимания не то, что философии — богословию Несмелова.