Пока иностранцы приноравливались в крымской зиме, в Севастополе страдали от безначалия. Фактически после гибели Корнилова обороной руководил Нахимов, но командиром порта и военным губернатором города по-прежнему оставался вице-адмирал М. Н. Станюкович. Все ждали назначения Нахимова, однако, писал племянник Нахимова, «князь не позволяет объявлять это приказом; назначение его выходит неофициальное, и оттого слушает его и исполняет приказание только тот, кто хочет»³²⁶. В то же время Меншиков нередко посылал приказания Нахимову в обход Станюковича и даже предупреждал, «чтобы Станюкович ничего не знал». Так, перед Инкерманским сражением он поручил Нахимову устройство моста через Чёрную речку втайне от начальника порта. Такой оригинальный способ управления добавлял и без того сложной обстановке ненужной нервозности.

Меншиков относился к Нахимову свысока, не любил его, считая, что тот, кроме своего морского дела, более ничего не знает и ни в чём не разбирается. Он и прозвище дал Нахимову соответствующее — «боцман», приговаривая: «Ему бы всё канаты смолить». Высокомерие и злословие князя были известны, не дай бог попасть ему на язык. Так, министра финансов Е. Ф. Канкрина, проводившего в 1839—1843 годах денежную реформу, он называл «фокусником»: «...он держит в правой руке золото, в левой — платину: дунет в правую — ассигнации, плюнет в левую — облигации». Министра государственных имуществ П. Д. Киселёва Меншиков советовал государю отправить на Кавказ для усмирения горцев: «Если нужно кого разорить, то лучше всего послать графа Киселёва, после государственных крестьян семь аулов разорить — ему ничего не стоит».

Его шутки были на слуху, их пересказывали в петербургских салонах как анекдоты. Однако в Севастополе князь шутить перестал. После окончания войны и подписания Парижского договора, по которому Россия утратила право иметь военный флот и крепости на Чёрном море и потеряла устье Дуная, на его счёт едко пошутил генерал А. П. Ермолов, который тоже за словом в карман не лез.

— Давно мы с тобой не виделись! — приветствовал Меншиков Ермолова при встрече. — С тех пор много воды утекло!

— Да, князь! Правда, что много воды утекло! Даже Дунай уплыл от нас! — отвечал Ермолов.

К Новому году Меншиков решил представить Нахимова к награде. В рапорте на имя великого князя Константина Николаевича он отмечал, что Нахимов «одушевлял войска непрестанным своим присутствием всюду, где опасность, подавая собой пример мужественного хладнокровия при исполнении священного долга», и предлагал наградить его орденом Белого орла.