Также совершенно «экзистенциалистской», стопроцентно соответствующей общепринятому представлению об этом философском направлении, выглядит проходящая сквозь все дневники Вавилова тема абсурдности и трагичности человеческого существования. «Мы актеры неизвестной пьесы и незримого, таинственного автора» (9 октября 1914). «Появилась у меня очень скверная философия. Все равно, всё пустяки, и все равно придется умереть. Заглушаю ее работой, книгами, шахматами, но в „пустые“ минуты она страшна» (28 октября 1916). «…мучительное раздирающее созерцание. Для чего понадобилась эта органическая эволюция? Неужели случайно создалось такое разрывающее душу и тело состояние?» (14 ноября 1940). «Все в земле, все умерло, все далеко и развеяно и, вероятно, без следа. Бесследность – самое страшное. Все ни к чему. ‹…› разлетимся вместе с Солнцем, и в электроны и кванты разлетится все научное наследие! Ну что же, остается наивная ни для чего не нужная, а главное – мучительная игра» (19 января 1942). «Впрыснут эликсир самолюбия, любви, получается буйная человеческая машина. Иссякли эти эликсиры – и человеческое сознание перед страшным разбитым корытом. Ему надо исчезать» (31 октября 1943). «Философия моя совсем отчаянная. Понимаю марионеточность жития, не хочу быть марионеткой» (21 ноября 1943). «…извольте жить и эволюционировать, чувствуя и сознавая каждое мгновение трагический балаган» (18 апреля 1944). «Самое тяжелое в том, что даже грусть кажется искусственной, выдуманной все тем же искусственным „я“. И обращенным только к нему же. Остается просто отвратительная боль, а не меланхолия и грусть» (24 ноября 1946).