В двухтомнике дневников Вавилова в предисловии оговорено, что явные описки и малосущественные ошибки при публикации исправлены (как и заменен на современное написание «дореформенный» – с «ятями» – язык ранних дневников). Но именно по таким ошибкам в рукописном оригинале видно, что Вавилов пришел к выразительности письменной речи непросто – так называемая «интуитивная» грамотность не была изначально ему присуща.

Вавилов часто путался в употреблении частиц «не» и «ни» («Нет веры не в себя, не в других», – написал он 10 июня 1944 г., при том что во многих других случаях грамматическая конструкция «ни…, ни…» применялась правильно, например, 31 декабря 1915 г. дословно та же самая фраза была написана верно, через два «ни»). «…не на чем не могу сосредоточиться» (8 июля 1909). «Как это не странно, но я согласен с этим двустишием» (10 мая 1910). «…как калейдоскоп, сколько не верти все новые картины» (13 июня 1915). То же с дефисом перед частицей «бы» – в поздних дневниках он то появлялся, то исчезал, причем написание иногда варьировалось в пределах одной записи (например, 26 декабря 1947 г., в одном предложении написано и «было-бы», и «отсутствовало бы»). «Хотя-бы какая-нибудь уверенность…» (4 июля 1944). «…дай боже, что бы и мне слететь. Жить стало-бы легче…» (1 февраля 1948). Иногда Вавилов мог написать «от чего? ‹…› от того, что» вместо «отчего? … оттого что…» (21 марта 1909); «причем здесь Кант?» вместо «при чем здесь?» (9 мая 1944). В записи от 25 апреля 1948 г. есть фраза: «ни во сне, ни на яву». Один и тот же оборот мог писаться по-разному (оба раза неверно): «просто на просто» (23 января 1913) – «просто напросто» (12 октября 1914). Очень часты и пунктуационные ошибки: «Фаусту видите ли захотелось…» (26 декабря 1910) и т. п. С грамматикой дела обстояли получше, но тоже не безупречно: «реторики» (31 июля 1912), «кругом по-прежнему фальш, фальш» (12 октября 1941 г. и еще более 10 раз), «элексир» (26 сентября 1946), «…чувство жалости и сочуствия…» (14 августа 1947). Случались ошибки в спряжении глаголов (например, «выровнить» – 1 мая 1947 г., «дышет» – 22 сентября 1947 г.) и в причастиях (например, «строющей» – 28 июля 1948 г.). «…может ли эта попытка удасться…» (12 января 1945). «…всеведующим» (18 августа 1946).