Несовершенство структур оперативно-розыскных служб, осуществляющих в настоящее время борьбу с этим явлением, негативно отражается не только на результатах проводимой работы, но и на взаимодействии между оперативными службами. Также оказывает отрицательное влияние и на концепции противодействия организованной преступности.
Чрезмерное увлечение оперативно-розыскными мерами послужило тому, что профилактическая работа практически выпала из поля зрения этих служб. Весьма редко стали проводиться масштабные операции по пресечению различного рода правонарушений. В условиях постоянного роста насильственных организованных преступлений в сфере экономики принимаемые меры не способствуют эффективности, поскольку участники группировок подавляющее большинство деяний совершают в условиях очевидности, и для их раскрытия не требуется глубокой оперативной разработки.
Работу в данном направлении осуществляет ряд ведомств и служб. Между ними до сих пор не налажено эффективное взаимодействие. Зачастую мероприятия проводятся без учета возможностей оперативно-розыскных служб даже в рамках одного ведомства, не говоря о других министерствах. Также недостаточно внимания уделяется комплексному использованию сил и средств органов внутренних дел и федеральной службы безопасности в процессе выявления, разработки и розыска членов преступных формирований. Не в полной мере задействуются имеющиеся возможности подразделений экономической безопасности, следственных изоляторов и мест лишения свободы.
Одной из основных причин такого положения является межведомственная и межотраслевая конкуренция. До сих пор в процессе выявления информации, представляющей интерес, не придается значения потенциальным возможностям государственных контролирующих органов, таможенной службе. Все это свидетельствует об отсутствии координирующего органа. Весьма важно в данном направлении работы исходить из того, что организованная преступность — это специфическое явление, и эффективное противодействие ей может оказывать только специально созданная служба.
В настоящее время в полиции наблюдается постоянное сокращение штатов, в том числе оперативных работников, отсутствует должное финансирование МВД, ФСБ. Из органов внутренних дел продолжается отток профессиональных кадров. Курсанты, окончившие высшие заведения системы МВД, не всегда назначаются на должности по профилю полученной специальности. Через три-пять лет после получения высшего специального образования из органов увольняется более 40 % таких сотрудников. Основными причинами являются недостаточное материальное обеспечение и слабая правовая защищенность.