С началом войны, в июне 1941 г., еще до объединения НКВД СССР и НКГБ СССР в единый наркомат, в ГКО и в Совете по эвакуации при СНК был решен вопрос о частичной эвакуации из Москвы центральных аппаратов НКВД-НКГБ СССР, которые должны были разместиться в Куйбышеве, Чкаловске, Уфе, Саратове, Кирове, Новосибирске, Свердловске, Казани, Пензе, Молотове и Ульяновске. При штате центрального аппарата НКВД СССР в 10 тыс. человек подлежали эвакуации 7 тыс. человек, из 11 тыс. человек центрального аппарата НКГБ эвакуировать планировалось 7,5 тыс. человек. Всего намечалось эвакуировать 33 тыс. сотрудников НКВД-НКГБ СССР и членов их семей. К октябрю 1941 г. в Москве остались лишь небольшие опергруппы от каждой структурной части НКВД СССР, а в марте 1942 г. в связи с изменением обстановки на фронте почти весь центральный аппарат вернулся в Москву[746].

Центральный аппарат военной контрразведки НКО, НКГБ и НКВД работал в напряженном режиме, направляя на места сотни телеграмм, распоряжений, циркуляров и приказов, стараясь придать эвакуации организованный характер, потому что паника отрицательно влияла на ход военных действий.

При эвакуации основное внимание было обращено на перебазирование промышленного потенциала из районов, которым угрожала опасность захвата немецкой армией. При этом большие трудности возникли прежде всего из-за того, что эта задача решалась почти одновременно во многих областях. По мере продвижения вражеских войск начался массовый вывоз промышленности из Прибалтики, Белоруссии, Северо-Западного промышленного района, с Украины, из Молдавии, Крыма, Центрально-промышленного района. Одновременно с перебазированием промышленности проходила эвакуация имущества колхозов, совхозов, МТС, вывоз в глубокий тыл научных, культурных учреждений и ценностей, детских домов, школ ФЗО, ремесленных и железнодорожных училищ.

27 июня ЦК ВКП (б) и СНК СССР приняли Постановление «О порядке вывоза и размещения людских контингентов и ценного имущества», дополненный затем директивой ГКО[747]. В первые месяцы войны эвакуация велась часто под вражескими бомбардировками и артиллерийскими обстрелами. Особенно трудно она проходила в приграничных районах, откуда из-за быстрого продвижения вермахта не удалось вывезти значительную часть материальных ценностей, не были эвакуированы многие промышленные предприятия и стратегические запасы сырья.

7 августа 1941 г. ГКО и Совет по эвакуации обязал наркоматы приступить к немедленному вывозу предприятий, расположенных на Правобережной Украине. Но при решении этой задачи встречались значительные трудности прежде всего из-за отсутствия необходимого количества вагонов и не только на Украине. Эвакуационные перевозки потребовали 1,5 млн вагонов. Это была передислокация огромной индустриальной базы на тысячи километров нередко в необжитые места. Ведь вывозу подлежало не только оборудование предприятий, но и значительные продовольственные резервы. 9 ноября 1941 г. Абакумов сообщил замнаркома обороны, нач. тыла Красной армии А.В. Хрулеву о том, что по данным ОО НКВД Орловского военного округа для вывоза продовольственных складов округа в глубинные пункты требуется 435 вагонов. В Воронеже остаются невывезенными 100 вагонов сахара, 20 мешков ячного порошка, 30 вагонов бекона, 30 вагонов сливочного масла, 563 тысячи банок консервов и 11 тонн хозяйственного мыла[748]. Что же касается сложившегося положения на Украине, то по сообщению НКВД Украины зам. наркома внутренних дел СССР Кобулову о трудностях при эвакуации и выводу из строя промышленных предприятий в Ворошиловоградской области: «Только по 26 предприятиям оставалось не вывезено 2350 единиц оборудования, 1212 тонн цветного металла, 5686 тонн спецстали, 46 648 тонн черного металла и 40 796 тонн разного материала. Для проведения полной эвакуации оборудования, материала, незавершенной погрузка и квалифицированных рабочих с их семьями основных предприятий, необходимо было 21 511 вагонов, однако НКПС на 25 ноября предоставил только 7149 вагонов (33,2 %). Из Харькова из-за отсутствия вагонов не было вывезено 100 тыс. тонн черного металла[749].