22 июля 1941 г. зам. нач. УОО НКВД СССР, комиссар ГБ 3-го ранга Мильштейн обратил внимание чекистов на усиление бдительности при формировании и отправлении воинских эшелонов, указав на то, что отмечены случаи, когда на станциях отправления на вагонах указывается станция назначения, что приводит к разглашению направления передвижения войск[787]. Несколько позднее была издана директива зам. наркома ВД СССР Меркулова и нач. 3 УНКВД СССР, ст. майора ГБ Горлинского наркомам внутренних дел союзных и автономных республик, нач. краев и областей о мерах по организации систематической агентурно-оперативной работы по обследованию эвакуационных и тыловых госпиталей в целях устранения недостатков в деле организации лечения раненых бойцов и командиров Красной армии[788].

20 декабря 1941 г. Берия по согласованию со Сталиным объявил о дополнительных поручениях ГКО, адресованных НКВД. На чекистов возложили агентурное освещение и контроль за ходом и сроками строительства всех главных оборонительных предприятий, эвакуированных на Восток; отслеживание соблюдения графиков железнодорожных перевозок и разнарядок на распределение продовольственных ресурсов на фронте и в тылу; наблюдение за состоянием санитарно-эпидемиологического надзора, чтобы иметь упреждающую информацию для предотвращения массовых вспышек заболеваний тифом в тылу Красной армии[789].

Военная контрразведка, занимаясь текущей повседневной работой, обращала внимание и на то, как проходила эвакуация населения местными властями. Для руководства всей работой по эвакуации населения, его размещения и устройства на местах СНК союзных республик, краевые и областные исполкомы образовали отделы по эвакуации. Сотрудники управлений военной контрразведки по приказанию Меркулова от 24 июня 1941 г. были обязаны ни в коем случае не покидать обслуживаемую территорию без специального разрешения вышестоящих органов, «виновные в самовольной эвакуации, не вызванной крайней необходимостью, будут отдаваться под суд»[790]. В директиве НКГБ № 168 от 1 июля 1941 г. снова подчеркивалось, что чекисты могли эвакуироваться только с последними отступающими частями Красной армии, приняв предварительно необходимые меры к проверке, насколько тщательно уничтожены на территории, занимаемой противником, фабрики, заводы, склады, электростанции, все, что могло оказаться полезным врагу в его борьбе с советским народом. Это говорит о том, что самовольное оставление ими места службы расценивалось не как обычное дезертирство, а как особо тяжкое преступление, которое приравнивалось к контрреволюционному преступлению. Угрозы ареста и предания суду не были пустым обещанием. Каждый чекист должен «твердо помнить, что в захваченных врагом районах необходимо создавать невыносимые условия для врага и всех его пособников, преследовать и уничтожать их на каждом шагу и срывать все их мероприятия»[791].