Еще 10 июля 1941 г. Меркуловым был подготовлен проект записки в ЦК ВКП (б) и на имя Сталина о проявлениях паники в среде командного состава и красноармейцев в частях и соединениях РККА в Прибалтийском военном округе в результате наступления немцев[800]. Сотрудники органов безопасности не только расследовали преступления в прифронтовой полосе, но и оказывали помощь советским и партийным органам в поддержании общественного порядка, вели борьбу с паникой. Одним из ответственных организаторов эвакуации в прифронтовых областях Украинской ССР замнаркома внутренних дел Серовым были обнаружены большие недостатки при эвакуации г. Харькова. В докладе Берии от 26 сентября 1941 г. он сообщил, что эвакуация городского населения проводится неумело. В результате имеются недовольства, а контрреволюционные элементы, используя их, распространяют слухи, что эвакуируют семейства только руководящих лиц, а население нет, советские органы и администрация предприятий не проводят достаточной разъяснительной работы о порядке эвакуации, имели место забастовки и невыходы на работу[801]. 11 августа 1941 г. Абакумов приказал наркому внутренних дел УССР ст. майору ГБ Сергиенко принять меры для пресечения преждевременной эвакуации руководящих работников из г. Киева[802]. В конце сентября чекисты помогли железнодорожникам Орджоникидзевской железной дороге в эвакуации из прифронтовой полосы 47 тыс. человек, из которых 44 тыс. человек следовали неорганизованно. 3 ноября 1941 г. зам. нач. ОО НКВД Южного фронта, капитана ГБ Мордовца доложил Л. Берии о принятых мерях по пресечению распространения паникерских настроений и попыток преждевременной эвакуации сотрудников партийных, советских органов и отделов НКВД прифронтовой полосы[803]. 21 августа 1941 г., выполняя приказ Берии, нач. УНКВД по Ленинградской области Лагунов арестовал Федорова, ответственного за беспорядки в городе Краснознаменске[804].
Во время эвакуации на новые места сотни тысяч людей уезжали преимущественно по железным дорогам. ОО и территориальные структуры НКВД не только боролись с агентурной абвера, но и оказывали всемерное содействие партийным и советским органами в борьбе с преступностью. Внимание чекистов было обращено не только на эшелоны эвакуируемых, но и на то, как решались вопросы эвакуации местными властями. Так, 2 ноября 1941 г. В.С. Абакумов получил докладную записку о недостатках эвакуации в Калининской области, вызванными «исключительным равнодушием со стороны руководителей райцентра и области».
В записке говорилось, что в районном центре Кушалино, в 35 км от г. Калинина, организован эвакпункт в здании бывшей церкви. «На день проверки в нем размещалось до 400 человек, взрослых и детей. Помещение не отапливалось, не убиралось, пол покрыт грязью и отбросами продуктов. Никакого оборудования и инвентаря на пункте нет. Взрослые и дети лежат на своих вещах или просто на голом полу. Питьевая вода отсутствует. Питание не организовано, так как чтобы получить установленную норму в 300 граммов, печеного хлеба из общего магазина треста, потребуется целый день, а ввиду перебоев с поступлением хлеба, беженцы, простояв день и ночь в очереди, уходят без хлеба. При этом теряют место в очереди и лишается прав на получение. Стол справок отсутствует, и газеты отсутствуют, что способствует распространению слухов. За недостатком транспорта отправка эвакуируемых задерживается до 5 и более дней, что вынуждает большинство следовать пешком, имея за плечами тяжелый груз, между тем как транспорт колхозов не используется». Поэтому нач. ОО Калининского фронта, ст. майор госбезопасности Ханников 1 ноября 1941 г. созвал совещание с участием секретаря Калининского обкома ВКП (б) Никифорова, зам. председателя облисполкома, руководителей районных советских органов и территориальных органов НКВД для принятия срочных мер по устранению выявленных недостатков.