С началом военных действий возросла роль органов НКВД и, в частности, военной контрразведки в эвакуации населения и имущества. В довоенных документах решение этой задачи не предусматривалось, она стала актуальной с первых дней войны и потребовала значительного отвлечения сил и средств в ущерб оперативной работе в борьбе с главным противником. 4 июля 1941 г. НКВД и НКГБ издали совместную директиву № 239/182 об обслуживании эвакуируемого населения, направленную наркомам госбезопасности и внутренних дел УССР, нач. УНКГБ и УНКВД Ленинградской, Смоленской, Гомельской, Витебской, Калининской, Курской, Орловской и Тульской областей о предотвращении попыток вражеских элементов проникнуть в советский тыл с эшелонами эвакуируемых советских граждан. В директиве отмечалось, что немцы постарались превратить поезда с эвакуируемыми в канал проникновения их агентов и диверсантов в советский тыл. Для недопущения появления в нашем тылу вражеских элементов, диверсантов и шпионов, налаживания тыла и борьбы с дезертирами из Красной армии органам НКВД и НКГБ было приказано:

– связаться с нач. тыла, с уполномоченными СНК СССР по эвакуации, нач. гарнизонов и военными комендантами на железнодорожных, станциях, оказать им в их работе всяческую помощь;

– все распоряжения нач. тыла выполнять безоговорочно, с одновременным сообщением о полученных распоряжениях в НКВД-НКГБ СССР по принадлежности;

– организовать проверку прибывающих эшелонов, изымая всех подозрительных и тщательно проверяя каждого изъятого, при наличии достаточных данных их арестовывать и вести следствие;

– изымать все холодное и огнестрельное оружие;

– обнаруженных бывших заключенных, бежавших из тюрем, арестовывать и направлять в тюрьмы;

– небольшие воинские подразделения и отдельных военнослужащих, прибывших с фронта без соответствующих документов, задерживать, разоружать и передавать военным комендантам или начальникам гарнизонов;

– при обнаружения в эшелонах сотрудников НКВД-НКГБ без соответствующих документов, удостоверяющих их право нахождения в эшелоне, арестовывать, проводить расследование через органы Особой инспекции о причинах ухода из прифронтовой полосы и с санкции НКГБ СССР предавать их суду военного трибунала[785].

20 июля 1941 г. НКГБ СССР своей директивой № 239/8241 приказал нач. органов госбезопасности союзных и автономных республик, нач. УНКВД краев и областей немедленно приступить к оперативно-чекистскому обслуживанию эвакуировавшихся из Москвы наркоматов и ведомств, для обеспечения этой работы на первое время использовать местную агентурно-осведомительную сеть[786].