В ходе оборонительных боев под Москвой и при подготовке города к защите чекисты обеспечивали руководство страны и командование фронтов и армий информацией, оказывали помощь командованию фронтов в быстрой и секретной перегруппировке войск, охраняли тыл действующей армии, ликвидировали агентуру противника, антисоветские организации и группы, боролись с диверсантами и парашютными десантами, защищали штабы, следили за соблюдением режима секретности, пресекали распространение провокационных слухов и фашистских листовок, выполняли специальные поручения ГКО.

22 июня 1941 г. были изданы директива НКГБ СССР, предписывающая «провести изъятие контрреволюционного и шпионского элемента», и приказ УНКГБ и УНКВД по Москве и Московской области, требовавший «провести интернирование всех германских подданных; лиц без гражданства немецкой национальности при наличии компрометирующих материалов арестовать; выдачу разрешений иностранцам на передвижение их по СССР прекратить»[1080].

2 июля 1941 г. совместным приказом НКВД и НКГБ СССР московским чекистам для борьбы с вражескими элементами, подававшими световые сигналы самолетам противника, наряду с другими мерами было предложено «проинструктировать агентурно-осведомительную сеть, обязав ее в случае обнаружения лиц, тем или иным способом подающих световые сигналы, задерживать их и доставлять в ближайшее отделение милиции или органы НКГБ-НКВД». На следующий день нач. УМКГБ г. Москвы и Московской области, комиссар 3-го ранга Кубаткин и нач. УНКВД г. Москвы и Московской области, ст. майор ГБ М.И. Журавлев доложили зам. наркома ГБ Серову о выполнении приказа об организации мероприятий по борьбе с сигнализацией ракетами со стороны вражеских элементов[1081]. Американский писатель Эрскин Колдуэлл писал, что в ночь на 1 июля 1941 г. в общей сложности ему пришлось предъявлять пропуск 11 раз – милиционерам и дежурным[1082].

По линии НКВД принимались дополнительные меры по борьбе с диверсантами противника. Нач. УНКГБ г. Москвы и Московской области Кубаткиным и нач. УНКВД Московской области ст. майором ГБ Журавлевым был издан приказ о предупреждении антисоветских проявлений и диверсионных актов на железнодорожном транспорте. В соответствии с этим приказом чекистские отделы и службы силами оперативного состава и особо проверенной агентуры делали обходы главных железнодорожных магистралей и важнейших объектов; обеспечивали агентурное обслуживание всех лиц, имевших отношение к местам военной погрузки на железных дорогах, закрепив все эти пункты за оперативным составом; проверяли состояние и готовность восстановительных и вспомогательных поездов и занимались агентурным обслуживанием личного состава ремонтных бригад; силами железнодорожной милиции обеспечивали по железным дорогам светомаскировку и охрану порядка; при всех авариях на оборонных, промышленных объектах и на железнодорожном транспорте производили тщательное расследование. 15 июля 1941 г. И. Серов направил письмо на имя Щербакова в ЦК ВКП (б) о положении дел на железнодорожных вокзалах Москвы и о принятии мер, направленных на пресечение преступности[1083].