«Санта Фе» вышла из Мар-дель-Платы в 02:30 17 апреля (23:30 16 апреля по аргентинскому времени). Первым этапом похода должен был стать 1300-мильный переход на юго-восток в условиях антарктической поздней осени, когда погодные условия в Южной Атлантике бывают очень неблагоприятными для мореплавания. Еще до выхода в море Бикаин высказывал опасения по поводу надежности систем и механизмов своего корабля, и опасения командира вскоре подтвердились. Уже 17-го числа произошло очередное ЧП в системе электроснабжения, что вынудило лодку на несколько часов лечь в дрейф. Затем вышел из строя один из электромоторов, и его ремонт занял около суток. После этого, 19 апреля, произошла авария в системе охлаждения одного из дизелей, который пришлось остановить. На его ремонт потребовалось двое суток.

Погода была типичной для этого времени и района, 20 апреля разыгрался сильный шторм. «Санта Фе» погрузилась на 70 м. На глубине шторм не ощущался, но движение значительно замедлилось. Состояние АБ не позволяло развить крейсерскую скорость подводного хода, хотя у построенных в период Второй мировой войны подлодок этот показатель и так невелик. Время нахождения под водой тоже имело свои пределы. На следующий день, когда заряд аккумуляторов сильно упал, пришлось всплыть и далее идти в надводном положении. Шторм продолжал бушевать. По своим мореходным качествам корабли этого класса слабо приспособлены для плавания в таких условиях. Волны и ветер нещадно трепали лодку, а ее экипаж по полной ощутил трудности и тяготы морской службы.

Шторм и плохое техническое состояние лодки привели к повреждению ограждения рубки, с которого волнами оторвало несколько листов. Подводники узнали о случившемся, услышав странный шум, доносившийся снаружи. Быстро удалось установить, что интенсивность шума увеличивалась с увеличением оборотов дизелей и, соответственно, скорости хода. Кроме того, странный шум мешал использованию ГАС в пассивном режиме. Поскольку это ограждение являлось проницаемым, то на способности выполнять поставленную задачу грозная с виду дыра в обшивке размером 1,5х5 м практически не сказалась, однако настроение морякам попортила основательно.

23 апреля Бикаин получил из штаба Оперативного командования на ТВД Южная Атлантика (CTOAS) сообщение о том, чего следовало ожидать: к Южной Георгии приближается отряд британских кораблей. Они были обнаружены с воздуха. Поскольку разведывательные полеты к острову осуществлялись военно-воздушными силами, а не морской авиацией, донесения летчиков, прежде чем достигнуть лодки, проходили сложный путь по штабным инстанциям. Непосредственной связи с самолетами-разведчиками не было ни у «Санта-Фе», ни у штаба CTOAS. Если добавить характерную для этих широт плохую работу коротковолновой радиосвязи, то пользы от такой воздушной разведки было немного, а с учетом того, что британцы могли, хотя и с некоторой задержкой, читать аргентинские радиосообщения, посылаемая лодке разведывательная информация попадала и к противнику. Сам Бикаин в начале этого дня сделал большую ошибку, нарушив радиомолчание и сообщив командованию о технических проблемах на борту, а также свои координаты. Из расшифровки этой радиограммы, перехваченной станцией РТР «Эндьюренса», британцы узнали, что к ним направляется аргентинская субмарина.