Извольский указал также на тесную связь между предполагаемым соглашением и германским проектом Багдадской железной дороги. Русские сразу же разглядели угрозу, которую несла их доминирующему положению в Персии Багдадская дорога. Еще в 1900 г. инженер В.А. Саханский, занятый проектами персидских железных дорог, призывал построить дорогу из России в Центральную Персию раньше, чем Германия (конкурент более опасный, чем Британия) проложит линию по турецкой территории.

Советский историк А. Попов утверждал, что «конкретным вопросом, лежавшим в основе пересмотра принципов всего направления русской внешней политики, был вопрос железных дорог, в особенности строительства железных дорог в Персии, непосредственно связанный с вопросом Багдадской железной дороги». По мнению Попова, переоценка началась с меморандума, представленного в 1903 г. русским послом в Пекине П.М. Лессаром, служившим прежде в Центральной Азии и в Лондоне, хорошо знающим проблемы Среднего Востока. Лессар опасался влияния построенной немцами Багдадской дороги и ратовал за строительство, в согласии с Британией, линии из Закавказья в Индию через Восточную Персию. Аргиропуло и Зиновьев выступили против такого плана, а русский посланник в Тегеране Власов и консул в Бомбее Клемм поддержали его. Витте пошел еще дальше и высказался за железную дорогу из Центральной Азии в Индию через Афганистан. Осуществлению этого плана помешали неприязненные отношения между Россией и Британией, писал Попов. Хотя Попов преувеличивает значение Багдадского проекта в достижении англо-русского взаимопонимания, тревога по поводу германского проникновения на Средний Восток ощущалась в Санкт-Петербурге, по крайней мере в тех кругах, которые представлял Извольский.

На совещании 14 февраля 1907 г. Извольский попросил коллег высказать свои взгляды по вопросу Персии и Багдадской железной дороги. Последовавшая дискуссия ничего не прояснила. Собравшиеся политики, военные и дипломаты не спешили сообщить о своей позиции. Многие либо не высказали свое мнение, либо оно не было записано. Довольно долго говорил Коковцов. Он считал, что строительство Багдадской железной дороги неизбежно, и России нужно добиваться от Германии компенсаций. Министр торговли и промышленности согласился с министром финансов и добавил, что, хотя Багдадская дорога плоха сама по себе, боковая ветка в Персию была бы еще хуже. В переговорах с Британией и Германией России следует добиваться, чтобы такая ветка никогда не была построена и чтобы «стерилизующее» соглашение, запрещающее строительство в Персии железных дорог, было продлено еще на десять лет (до 1920 г.).