В течение своей полной опасностей жизни Генрих Наваррский несколько раз переходил из протестантской веры в католическую и обратно – в первый раз ради безопасности, затем по велению сердца, а, в основном, ради политической конъюнктуры. Во время его очередного «протестантского» периода, в 1585 году папа Сикст V объявил Генриха еретиком и предал анафеме. Реальной целью того отлучения от церкви была попытка католической оппозиции лишить Наваррца прав на французский престол и предотвратить наметившееся сближение между ним и королем Генрихом III.

Отлучение от церкви было действенным оружием в политической борьбе той религиозной эпохи. Во время «войны трех Генрихов», в которой сражались между собой армии Генриха III Валуа, Генриха Наваррского Бурбона и Генриха де Гиза, был предан анафеме даже король Франции. Вынужденный оставить Париж и не найдя другого способа остановить Гизов, Генрих III организовал в 1588 году вероломное убийство Генриха де Гиза и его брата Людовика, за что был проклят Папой Римским. Потрясенный отлучением короля, монах-доминиканец Жак Клеман на глазах у охраны заколол Генриха III. Короля похоронили в Компьене, где его тело оставалось в первые годы после окончания войны.

Наваррцу, ставшему королем Генрихом IV, было предсказано, что он окажется в усыпальнице французских королей вскоре после Генриха III. К несчастью, пророчество сбылось – в 1610 году, через несколько недель после перезахоронения останков Генриха III в базилике Сен-Дени король Генрих IV был убит религиозным фанатиком, как и его предшественник.