Лэрд Джеймс Стюарт, побочный брат королевы, граф Эрджил, лэрд Эрскин и другие представители знатнейших родов примкнули к реформатору; десять дней проповедовал Нокс в Эдинбурге, причем никто не осмеливался оспаривать его тезисы; народ разгонял религиозные процессии, сбросил статую святого Эгидия, покровителя города, в море и потребовал наконец признания нового учения. Мария Лотарингская, которая воспользовалась протестантами лишь для того, чтобы ниспровергнуть партию регента, не могла дольше медлить, когда ей удалось получить регентство; как ярая католичка она поспешила воздвигнуть преграду революции. По ее приказу Нокс подвергся преследованию, и когда он бежал, то регентша велела сжечь его изображение в Эдинбурге и пригласила всех проповедников новой веры в этот город для оправдания их учения. Они явились, но в сопровождении такой многочисленной свиты баронов, что Мария не рискнула напасть на них.

Мария Лотарингская остерегалась прибегать к силе, пока ее дочь не вышла замуж за дофина Франции, а тесная связь между Испанией и Англией не порвалась со смертью Марии Католической и с восшествием на престол протестантки Елизаветы. Теперь же она считала себя достаточно могущественной для того, чтобы уничтожить всех еретиков и с помощью церкви и дворов Франции и Испании доставить и английский трон своей дочери Марии Стюарт. Новое учение подверглось опале. Но тут вернулся Нокс; его воодушевленные речи возбуждали народ разорять монастыри и опустошать памятники католической веры. Регентша грозила разрушить мятежный город Перт, испепелить его и сровнять с землею, но, пока она снаряжала свои войска, собрались лэрды конгрегации – так называли себя дворяне-протестанты – и объявили ей войну. Эдинбург был завоеван протестантами, и здесь также ниспровергались алтари. Регентша обратилась к помощи французского короля, а протестанты – к помощи Елизаветы. Франциск II послал в Шотландию вспомогательный корпус под предводительством маркиза д’Эльбефа; Елизавета, со своей стороны, снаряжала войска; однако она колебалась еще приступать к военным действиям, вероятно, прежде всего потому, что Нокс оскорбил ее лично в одном сочинении, направленном против женского правления Тюдоров; только после принятия Франциском II и Мариею Стюарт английского герба решилась королева начать войну.

Шотландские дворяне-протестанты совершили тогда первый насильственный шаг, направленный против Марии Стюарт: они объявили низложение регентши в следующих словах:

«Мы, верные бароны нашего государя и нашей государыни, лишаем Вас, по важным причинам, верховной власти, коей Вы были облечены от имени нашей государыни, совет которой мы составляем по праву рождения во всех общественных делах».