Особый интерес представляют неандертальские версии генов, влияющих на структуру мозга. Некоторые из них, по всей видимости, ответственны за увеличение задней части черепа, наращивание объема вещества головного мозга и более интенсивную складчатость его поверхности. Если неандертальские версии сохранились у современных людей, значит, они либо не влияли на выживание гибридов и их потомства, либо действительно обеспечивали преимущество.

Другие «неандертализованные» зоны нашего мозга еще сильнее связаны с глубокими мыслительными процессами, в том числе с осмыслением последовательности движения пальцев, концептуализацией и вычислением относительного объема и количества. Внезапно выгравированные серии линий и насечек на костях приобретают гораздо большую значимость.

Что самое неожиданное, неандертальцы также вернули нам гораздо более древние формы генов, которые мы когда-то утратили. Похоже, кое-что из генетического наследства, полученного от нашего общего с неандертальцами предка, у популяции ранних Homo sapiens со временем исчезло. Частично оно вернулось в наш геном путем межвидового скрещивания, имевшего место более 100 000 лет назад. Но это возвращение вовсе не было желанным: унаследованная версия гена FOXP2 не прижилась, что свидетельствует о важности той версии, которая сформировалась у нас в процессе эволюции.

С другой стороны, при межвидовом скрещивании некоторые гены ранних Homo sapiens должны были передаться неандертальцам. Однако на данный момент у нас нет информации об этом, потому что ни один из геномов поздних неандертальцев не демонстрирует следов Homo sapiens^{18}. Этот факт подчеркивает большую значимость каждого нового генома и его лабораторных исследований, так что работа по расширению выборки продолжается.

Увеличение числа образцов генетического материала коренным образом изменило мнение о том, что неандертальцы составляли крошечную метапопуляцию. Как уже упоминалось, ряд первоначальных анализов дал основание предположить намного более низкое генетическое разнообразие, чем у современных Homo sapiens [188]. Появились теории о том, что их исчезновение обусловил инбридинг — систематическое рождение детей от близкородственных индивидов, — и даже казалось, что этому есть бесспорные подтверждения. Родителями алтайской неандерталки из Денисовой пещеры могли быть: дважды двоюродные брат и сестра (у которых все бабушки и дедушки общие), тетя с племянником, дедушки или бабушка с внуком или внучкой или даже единокровные брат с сестрой. Во многих культурах это скорее считалось бы инцестом, а не инбридингом. Дальнейший анализ ее ДНК также выявил относительно близкие (хотя и не самые тесные) отношения между ее предками на протяжении многих поколений. Признаки такой же маленькой популяции есть в Эль Сидроне: в 2019 г. был опубликован длинный перечень особенностей костей, характерных для многих индивидов с этого памятника. То же самое наблюдается в Ла-Кина, еще одном месте с большим количеством скелетов.