Такие предположения требуют подкрепления более ранними образцами, но межвидовое скрещивание поздних периодов идентифицировать проще. Фаза контакта, которая, по-видимому, оставила в нас наибольший генетический след, имела место 55 000–75 000 лет назад. Примечательным образом она отражается в ДНК из бедренной кости раннего Homo sapiens, обнаруженной на реке Иртыш в районе села Усть-Ишим в центральной Сибири. Эти ноги 43 200–46 800 лет назад носили мужчину со следами неандертальской примеси от межвидового скрещивания, имевшего место за 7000–13 000 лет до времени его смерти. Дальнейшие исследования показали, что эпизодов такого скрещивания было два: один случился 50 000–54 000 лет назад, а второй — пятью тысячелетиями позже.

На первый взгляд более старшая фаза соответствует расчетам датировок, основанным на геноме неандертальца, но есть одна загвоздка. До сих пор ни один из секвенированных неандертальских геномов в точности не совпадал с ДНК современных людей. Мы определенно не связаны с алтайской линией^{16}, но и большего сходства с Виндией или Мезмайской 1 по европейской ветви не обнаруживается. Возможно, это говорит о том, что скрещивание с исходной популяцией, оказавшей на нас наибольшее влияние, произошло в регионе, из которого нам еще только предстоит получить ДНК неандертальца.

Это также означает, что 80 000 лет назад их ветвь уже успела отделиться, о чем говорят и вычисления по генетическим данным, которые относят межвидовое скрещивание к периоду от 45 000 до 90 000 лет назад^{17}. С помощью археологических методов мы можем уточнить, что это случилось до 55 000–60 000 лет назад, поскольку нынешние аборигены Австралии, обладающие неандертальскими генами, к тому времени уже заселили этот материк. Если сложить все вместе, то получится, что обе фазы межвидового скрещивания в ДНК усть-ишимского человека имели место слишком поздно, чтобы оказаться теми самыми, которые мы наблюдаем у современного населения Евразии.

Случаи нескольких более поздних фаз скрещивания подтверждаются и другими данными. Мы видим, что популяции ранних Homo sapiens в Евразии 55 000 лет назад уже разделились на различные линии. Наличие большего количества неандертальских ДНК у ряда современных людей, вероятно, объясняется дополнительными эпизодами гибридизации в каких-то из этих линий, которые затем перешли в Азию и дальше.

Теперь мы также знаем, что взаимодействие между линиями, вероятно, происходило ближе к Европе. Вскоре после получения результатов исследований усть-ишимского человека были опубликованы данные о ДНК, извлеченной из кости другого раннего Homo sapiens. Этот индивид умер 37 000–42 000 лет назад на сотни километров западнее, в Пештера-ку-Оасе (Румыния). Его происхождение произвело почти такой же фурор, как родословная Денни, поскольку на 11 % было неандертальским. Это значит, что его неандертальский предок жил всего на четыре — шесть поколений раньше него.