Эта экспериментальная система управления еще не проходила испытаний на продольную управляемость, и ее подключение предусматривалось отдельно со специального экспериментального пульта. За полгода до катастрофы в наземных испытаниях в ней была отмечена «нелогичная» работа продольного канала управления, вследствие случайного подключения сигнала с экспериментального пульта. Тогда Главный конструктор принял решение отключить передачу сигнала с пульта для исключения подобных случайностей. Что и было сделано методом расстыковки соответствующего штепсельного разъема.

Кто, когда и зачем, без соответствующих документов и указаний, снова собрал этот разъем, остается загадкой. Как часто бывает в авиации, скорее всего, какой-то «бдительный техник» посчитал вопиющим непорядком висящие провода на сверхзвуковой машине и решил этот непорядок устранить в порядке социалистической сознательности и дисциплины. Его личность установить не удалось, потому что к самолету имело доступ большое количество сотрудников КБ, ЛИИ, инженеров и техников разной подчиненности. Можно также предположить, что при расстыковке разъема кабели и разъемы не были должным образом маркированы. Вероятнее всего, экипаж об этом не знал, но почувствовал изменения в управлении в полете 2 июня.

И вот роковой момент выполнения злосчастной «Горки». Как только экипаж убирает переднее складное крыло, происходит включение блока и переключение программы продольной управляемости из конфигурации «утка» (крылья выпущены) в конфигурацию «бесхвостка» (крылья убраны). И в этот же момент летчик отдает штурвал от себя. Система подает сигнал и резко добавляет отклонение руля к тому, что задал летчик (так сказать «помогает»). И таким образом совместными усилиями самолет переходит в крутое пикирование с высоты 1200 метров.

Далее, при попытке вывода машины из этого пикирования взятием штурвала на себя, система «крадет» у летчика часть отклонения руля на кабрирование, чтобы защитить самолет от чрезмерных перегрузок. Экипаж пытается вернуться в исходную конфигурацию, выпустив переднее крыло. В этот момент система снова перестраивается и «отдает» летчику ранее отнятые градусы отклонения руля, резко добавив отклонение элевонов на кабрирование, чем создает перегрузку, разрушившую самолет.

Выводы, сделанные французской комиссией, не имевшей доступа к ленте самописца и не имевшей возможности провести все исследования, были выгодны обеим сторонам, но вызвали массу вопросов. Только недавно появившиеся материалы позволяют поставить точку в многолетних спекуляциях на эту тему.