Органы ВЧК – ГПУ на уровне губернских отделов и выше вели агентурную разработку подозреваемых, арестовывали их, а затем оформляли следственное дело. На основе собранных в ходе агентурной разработки материалов выносился приговор. Судебные заседания носили заочный характер и проходили без участия обвиняемого и свидетелей. В центральном аппарате ВЧК – ГПУ решения по следственным делам выносились специальной высшей инстанцией – президиумом при Коллегии ВЧК – ГПУ. С апреля 1919 г. этот орган действовал в постоянном составе: председатель (заместитель председателя ВЧК – ГПУ) и двое его заместителей (главы инструкторского и транспортного отделов). Президиум выносил постановления к ссылке или высылке. Претворение в жизнь вынесенных постановлений поручалось исполнительным структурам аппарата ВЧК – ГПУ. Наблюдение за правильностью ведения следствия, вынесения и исполнения приговоров, а также за правильностью содержания осужденных органами ВЧК – ГПУ возлагалось на следственную часть ВЧК, преобразованную в августе 1922 г. в Юридический отдел. Таким образом, органам ВЧК – ГПУ предоставлялось право самим определять правомерность своих действий.

Реорганизация репрессивной системы в феврале 1922 г. привела к формальному лишению органов ГПУ права на ссылку и высылку. Однако такое положение сохранялось недолго. Правительственный декрет «Об административной высылке» от 10 августа 1922 г. наделил правом рассмотрения вопросов о высылке отдельных лиц особую Комиссию по высылкам при НКВД. Она должна была работать под председательством представителей НКВД и НКЮ. Таким образом, в соответствии с декретом, органы ГПУ утратили монополию на административную ссылку и высылку. Деятельность представителей ГПУ в рамках Комиссии формально ставилась под контроль руководства НКВД и НКЮ. Но на практике работа новообразованного органа получила специфику, обусловленную особым автономным положением ГПУ в структуре НКВД. Комиссия не имела своего аппарата, а ее функции распределялись по ведомственным отделам. Документы на высылку рецидивистов оформлял административный отдел (подотдел административного надзора). Дела «контрреволюционеров» проходили через аппарат ГПУ. Комиссия формировалась из ответственных сотрудников – начальников отделов и управлений ГПУ. Заседания проводились без участия обвиняемых и их защитников. Докладчиком по существу дела выступал следователь секретно-оперативной части (затем контрразведывательного отдела) ГПУ. Для вынесения обвинительного заключения было достаточно признания обвинения обоснованным по ряду улик.